济南市疾病预防控制中心于2002年3月28日在原济南市卫生防疫站基础上组建而成，是济南市政府对社会实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益性事业单位。现有事业编制379人，在编331人，高级、中级职称人员占比分别为35.04％、24.17％。目前中心拥有资产总额3.24亿元，固定资产2.3亿元，专业设备总资产1.2亿元，其中50万元以上设备46台（件）、100万元以上设备22台（件）。中心持续加强实验室能力建设，国家实验室认可8个领域242项，检验检测机构资质认定366个产品、参数4046项（不重复参数1027项）、工作场所职业病危害因素检测项目5类、215项。
　　为适应新时期疾控工作的任务和要求，进一步建立符合疾病预防控制工作特点的管理体制和运行机制，2021年9月完成中心科所调整。现有13个职能部室、20个业务科所及工会、团委、妇委会3个群团组织。13个职能部室包括中心办公室、党委办公室（精神文明办公室）、组织人事部、科研教育部、财审部、信息部、药剂设备管理部、应急办公室、质量管理部、总务科（车辆管理科）、安全保卫科、监察室、离退休人员管理科，20个业务科所包括高新区分中心、南部山区分中心、传染病防制所、免疫预防所、艾滋病防制所、结核病防制所、消毒技术指导中心、病媒生物防制所、慢性非传染性疾病防制所、地方病防制所、食源性疾病和食品安全风险监测所、环境健康所、职业健康所（职业病检查质控中心）、放射卫生所、学校卫生监测所、健康知识传播中心（健康教育所）、公共卫生所（对外技术咨询服务部）、细菌性疾病检验所、病毒性疾病检验所、理化检验所。

　　中心现有建筑面积15010平方米。2020年，为加强全市疾病预防控制体系标准化建设，在市委、市政府和市卫生健康委的领导下，中心启动迁建工作。迁建项目位于槐荫区济南国际医学科学中心济齐路以南、体育公园以东，总投资5.15亿元，占地30亩，总建筑面积5.5万平方米，其中地上39234平方米、地下15816平方米，建设19层业务楼、6层实验楼。迁建项目为山东省、济南市重点项目，于2020年7月取得市发改委立项批复，2021年4月开工建设，计划2022年12月竣工，拟于2023年6月投入使用。

　　中心不断加强疾病预防综合控制能力建设，加快济南市预防医学研究院和山东大学附属疾控中心，建立院士工作站和泉城学者工作站，是国家人体生物样品监测项目重点实验室、全国环境与健康研究基地、全国环境健康风险评估试点、全国疾病预防控制信息化试点，是山东大学、山东第一医科大学、悉尼大学等高等院校实践教学基地。多年来，妥善处置“8.25毒蘑菇事件”、“毒韭菜事件”等多起各类传染病、食品安全及水污染等事件，圆满完成全运会、奥帆赛、园博会、十艺节、全国糖酒会等重大活动疾控保障任务，成功应对“非典”、山东省首例人感染高致病性H5N1禽流感、省内首例、全国第二例甲型H1N1流感和人感染H7N9禽流感疫情，完美担当“5.12”汶川地震、“7.18”洪水、“利奇马”等灾后防疫工作，是第一支进入地震灾区开展救援的外省防疫队伍，形成的抗震救灾“山东经验”，得到卫生部、四川省抗震救灾指挥部的充分肯定和认可。2021年新冠病毒疫苗接种工作受到国家卫生健康委副主任李斌、国务院联防联控督导组高度评价并被中央电视台《新闻联播》报道。

　　中心先后获评全国卫生系统先进集体、全国抗震救灾医药卫生先进集体、全国艾滋病防治工作先进集体、全国科普教育基地、全国巾帼文明岗、全国新疆脊灰防控工作先进单位、山东省富民兴鲁劳动奖状、山东省抗击新冠肺炎疫情先进集体等470余项荣誉，连续十七年获评省级文明单位，十八年获评济南市卫生系统工作目标考核标兵单位（考核优秀）。