南日镇卫生院地处海岛，距莆田市区78公里，其中水路7.1海里。始建于1953年，历经变更，先后为南日区卫生所、南日联合诊所、南日公社保健院，1967年正式成为南日卫生院，成为岛内的一所一级甲等卫生院，2013年9月24日增名为“莆田市医院医疗集团南日镇卫生院”，并开始下派专家组人员驻扎我院，于2015年5月1日更名为：“莆田市院南日分院”。全院共有职工87人。医疗业务涉及全镇17个行政村（其中4个村是大岛外围小岛屿），承担着6万多人口的预防保健、临床医疗、基本公共卫生，并承担各类急、危重病人的医疗救治和计生工作。　　我院总占地面积23亩，其中现址占地20亩，现有旧门诊病房综合楼一座占地575平方米，建筑面积1713平方米，病房楼一座占地480平方米，建筑面积1640平方米，宿舍楼一座占地206平方米，建筑面积412平方米，放射楼一座占地60平方米，建筑面积60平方米，卫技楼一座占地300平方米，建筑面积846平方米，在建中五层框架结构新门诊综合病房楼，占地面积1000平方米，建筑面积5000平方米;现有内科、感染性疾病科、普通外科、骨科、儿科、妇产科、口腔科、皮肤科、眼耳鼻喉科、麻醉科（手术室）、中医科（康复科）、急诊科、全科医疗科等相关临床科室。