山东省疾病预防控制中心前身为成立于1949年3月的山东省医疗防疫大队，历经山东省卫生防疫站，山东省疾病预防控制中心等发展阶段，目前承担政府疾病预防与控制、突发公共卫生事件和灾害应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、疾病和传染病预防控制技术指导与应用研究推广、健康危害因素监测与干预、健康教育与健康促进、疾病和传染病病原生物检测和物理化学因子检测评价等职能，是全省食品安全风险监测核心技术机构、全省疾病预防控制工作的技术指导中心。经省编委批准，中心还加挂“山东省预防医学科学院”“山东省食品安全风险评估中心”“山东省卫生检测检验中心”“山东省艾滋病预防控制中心”“山东第一医科大学公共卫生与健康管理学院”牌子。

中心现有办公用房2.6万平方米，实验室用房2.5万平方米，内设20个部门，其中管理部门9个，业务部门11个。中心编制为395人，在职人员374人，在职人员中专业技术人员占比95.9％，研究生人员占比65.5％；高级职称人员占比52％。现有泰山学者1名、泰山学者青年专家1名、国务院特殊津贴专家4名、国家卫生健康委有突出贡献的中青年专家1名、山东省有突出贡献中青年专家2名、WHO西太区消除麻疹证实委员会委员1名、齐鲁卫生与健康领军人才12名、齐鲁卫生与健康杰出青年人才21名，博硕士研究生导师近40名。

中心建有山东省省级传染病预防控制重点实验室1个、山东省医药卫生重点实验室1个、山东省医药卫生重点学科7个，同时建有全省唯一的生物安全三级（BSL-3）实验室、省菌（毒）种保藏中心、国家致病菌识别网山东省中心实验室和艾滋病确证中心实验室以及40个生物安全二级实验室，实验室设备总价值2.3亿元。具备检测检验机构国家级资质4项、省级资质1项。通过中国合格评定国家认可委员会实验室认可项目36类1349项，国家认证认可监督管理委员会实验室资质认定项目25类1184项。

中心坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，按照省委省政府的决策部署，在省卫生健康委的坚强领导和社会各界的关心支持下，认真贯彻新时代党的卫生健康工作方针，履职尽责、担当作为，把好卫生第一关口，护佑齐鲁群众健康。先后获得“全国创先争优先进基层党组织”“全国青年文明号”“中国青年五四奖章集体”“山东省五一劳动奖状”“山东省抗击新冠肺炎疫情先进集体”等100多项国家级和省（部）级殊荣，被省委省政府记集体一等功1次。