北京市中医药研究所建于1959年，是全国最早成立的五所中医研究所之一。建所以来始终与北京中医医院的重点学科紧密结合，形成了以临床基础研究为主的方向，在脾胃病研究、肿瘤研究、针刺麻醉等研究在全国有广泛的影响。
研究所目前拥有职工36人。其中博士生导师2人，硕士研究生导师4人;博士学位15人;硕士学位14人。已经培养硕士90人，培养博士10人。自建所以来，获得全国科学大会奖1项、北京市科技进步一等奖2项、北京市科技进步二等奖4项、北京市科技进步三等奖28项，其他70项。发表论文200余篇。6人入选北京市科技新星;1人入选北京市跨世纪百千万人才项目。3人入选215人才学科骨干。
北京市中医药研究所拥有中医感染性疾病基础研究北京市重点实验室、银屑病中医临床基础研究北京市重点实验室、国家中医药管理局“细胞病理”三级实验室、脑心同治实验室、实验动物室、国家中医药管理局“疮疡生肌理论及应用”研究室、中药研究室、临床流行病学与循证医学中心、中医文化研究室;实验动物室通过三级认证。在中医药研究中形成了临床、基础相结合的研究模式，与临床重点学科和专科共同合作承担重大课题，解决临床问题，成为研究所未来发展的重要方式。