南县疾病预防控制中心于2004年12月挂牌成立，其前身为原南县卫生防疫站。
中心是我县全额事业单位，主要承担全县传染性疾病防控、病媒生物监测、慢性非传染性疾病预防控制和监测、突发公共卫生事件应急处置、免疫规划管理、结核病防治、性病和艾滋病防制、血吸虫病防制、食品危害因素、职业危害因素、环境危害因素等公共卫生的监测和防制、学生常见病和相关危害因素控制、卫生检测、从业人员健康证办理、健康教育与健康促进、国家基本公共卫生服务项目中的疾病预防控制相关项目的技求指导、培训和督导等工作职责。具备有CMA认证、艾滋病抗体检测、全国结核病分子诊断技术能力验证合格等资质。
中心占地面积12亩，工作用房2907平方米，其中疾病监测用房1200平方米。现有工作人员55人，其中专业技术人员48名，高级职称9人，中级职称14人。中心专业技术人员具有较强的工作能力和良好的工作业绩，在上级部门的高度重视和支持下，中心先后被授予全国结核病控制项目先进单位、湖南省免疫规划管理先进单位、湖南省疟疾病防治先进单位等荣誉称号。