四川省中医药科学院集中医药科研攻关、成果转化、临床医疗、产业推进、高端智库服务于一体，是四川实施国家中医药综合改革示范区建设、推动中医药强省的科技力量省级队，国内建院最早、学科最全、规模最大的中医药综合性科研机构。
四川省中医药科学院的前身是，包括国药研究在内的原国民政府工商部中央工业实验所，1930年在南京水西门成立。1937年11月，抗战烽火中内迁重庆，更名为重庆工业试验所。1956年，更名为重庆科学实验所，1957年、1958年先后更名为西南中药研究所、四川省中药研究所。1958-1961年，成为中国科学院四川分院中医中药研究所。1963-2006年，定名为四川省中药研究所，1987-1990年间，加挂四川省中医药研究院中药研究所。1984年，成都中医药研究院成立，1985年更名为四川省中医药研究院，为全国六大中医药研究基地之一。1997年，四川省中药研究所由重庆搬迁至成都。2006年四川省中医药研究院和四川省中药研究所合并，成立四川省中医药研究院（四川省中药研究所）。2007年，更名为四川省中医药科学院（四川省中药研究所）。
全院设置党政办等8个职能处室、中医药临床基础与文献信息研究所等7个业务所（中心），下属独立核算的四川省中西医结合医院、四川省第二中医医院、四川省中医药转化医学中心三个法人单位。代管世界中医药联合会中药新药创制专委会、四川省药理学会等学术团体和《中药药理与临床》杂志。建有四川省博士后科研工作站、四川省博士后创新实践基地，与西南医科大学等高校联合申报中医药硕士授位点3个。
全院现有干部职工1724人，其中享受国务院政府特殊津贴专家26人，中组部西部之光访问学者4人，天府青城、峨眉计划专家9人，中医药院士后备人才3人，四川省有突出贡献的优秀专家12人，省学术和技术带头人及后备人选35人，四川省十大名中医2人，四川省名中医38人，全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师7人，四川省卫生健康首席专家2人、领军人才7人，四川省卫健委突出贡献专家3人，四川省中医药管理局学术和技术带头人44人。
突出科研链条化，建有国家中医药管理局、省级中医药科研重点平台，推进大批国家和省级中医药重大科研成果面世，连年获得国家、省级科技进步一、二、三等奖。研制青蒿片、免疫抑制剂火把花根片川射干总黄酮及其制剂咽喉康胶囊、抗类风湿性关节炎藏药然降多吉胶囊等具有国际水准的创新中药60余个，其中毒素中药热毒平胶囊、川产紫杉醇原料药及其注射液是国内首个抗内新药，风湿平胶囊（昆仙胶囊）获得“九五”国家重点科技攻关计划科技成果奖。主持四川省第三次、全国第四次中药资源普查工作，探明四川中药资源数量9035种，川产道地药材86种，数量居全国第一。建成国家基本药物所需中药材种子种苗繁育四川基地与四川广安基地，建立四川省级中药资源动态监测与技术服务中心和动态监测站，构建省级中药材溯源体系、种植规范化体系、标准化体系。跨区域、省际推动成果转化，加强院企合作，建立产业技术分院，加大科研链条化、系列化、品牌化集成，推动内江、乌蒙山等地产业化转化。推进国际合作，提升川派中医药国际影响力。以“三名”建设，推动科研型医院打造，两家“三甲”医院建成国家级重点学科2个、重点专科7个。
站在新发展新起点，“促进中医药传承创新发展”“加大科技创新”，坚持科技创新“四个面向”，全面贯彻党的二十大精神，深入落实四川省委、省政府作出中医药强省战略推进的新部署，四川省中医药科学院抓改革、强团队、建智库，实施“十四五”战略，瞄准“一年夯基、两年见效、三年提质、四年跨越”“四步走”目标，推进“三年攻坚行动”，为写好中国式现代化四川篇章积极贡献科学院力量！