鄂尔多斯市疾病预防控制中心是由原伊克昭盟卫生所、卫生防疫委员会、防疫队、性病防治站和鄂尔多斯市卫生防疫站更替和发展过来的。1957年原伊克昭盟卫生防疫站成立，2001年更名为鄂尔多斯市卫生防疫站，2003年又更名为鄂尔多斯市疾病预防控制中心。2011年中心整体搬迁至康巴什新区公共卫生大厦，总面积9000多平方米，现正新建1.26万平方米的实验楼。
市疾病预防控制中心为鄂尔多斯市卫生健康委员会所属公益一类事业单位，机构规格正处级。核定领导职数2正3副，核定编制187个，核定内设机构20个。现有在编在岗人员177名，其中博士研究生2名，硕士研究生35名，本科124名；高级职称59名，中级职称47名，初级职称38名。主要职能职责为：疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测、检验与评价、健康教育与健康促进、业务技术的规范管理培训与科研项目应用研究指导等。
市疾病预防控制中心现有实验室总面积3650平方米；有分子生物、艾滋病确证、临床检验、结核、鼠布、地病等实验室，其中生物安全二级实验室14个；能够检验非食品类、食品类、生活饮用水等496项；能够开展流感病毒鸡胚培养、细胞培养以及新冠肺炎病毒核酸检测、血清学检测及基因测序等检验能力，同时具备较为完善的突发公共卫生事件应急响应机制和现场处置能力，实验室具备突发中毒事件应急监测和传染病病原学快速检测能力，可在48 小时内完成人感染 H7N9 禽流感、中东呼吸综合征、新冠和鼠疫等重点病原体的检测。
近年来承担主持国家项目2项、自治区项目7项、市级项目8项，鄂尔多斯市创新人才团队3个。在国内外发表论文近100篇，其中SCI论文3篇，申请国家发明专利9项，编著专著3部。3项科技成果荣获内蒙古科学技术进步奖，2项科技成果荣获鄂尔多斯市科学技术进步奖三等奖。
市疾病预防控制中心在市委、市政府的正确领导下，在上级业务部门和市卫健委的有力指导下，认真贯彻自治区和我市重大决策部署，抓重点、补短板、强弱项，各项工作取得新成绩。先后获得国家级表彰8次，自治区级表彰59次。2022年被评为甲类A级疾病预防控制机构。