曲靖市中医医院创办于1982年。建院40年以来，全院干部职工始终秉承“净心明德、精诚笃行、传承创新、道泽珠源”的大医精诚精神，不懈努力、团结奋进、突破创新，现已发展成为“一院四区”（三元院区、交通院区、南苑分院、麒麟分院）、“二个品牌”（“曲中”医疗服务品牌、“爨中”文化品牌）、“三个专科”（针灸科、肛肠科、肺病科）、“四块牌子”（曲靖市中医医院、云南中医药大学附属曲靖医院、曲靖经开区人民医院、曲靖市肛肠专科医院）集一体的一所中西医融合发展、中医特色优势突出的三级甲等中医（综合）医院。是曲靖地区目前成员最多，涉及面最广的医联体，截止目前现有集团成员单位135家，其中三级甲等医院2家、二级甲等医院11家、一级医疗机构122家。也是曲靖市中医药学会会长单位，还是云南省曲靖区域医疗卫生中心建设—曲靖市肛肠专科医院主体建设单位、云南省肛肠盆底疾病专科联盟牵头单位。
医院系云南省建立健全现代医院管理制度试点医院、云南省中医药文化宣传教育基地、国家中医住院（含中医全科）医师规范化培训基地、曲靖市质量强市示范城市质量提升示范点的创建单位、省级继续教育基地、全国内镜微创保胆培训基地、欧洲生物反馈技术培训中心、云南省中医肛肠病学继教医学教育基地、云南省弹力线RPH微创新技术临床培训基地、直肠癌流行病普查培训基地、消痔灵技术推广应用云南省培训中心、中国中医固脱疗法示范基地、治未病服务适宜技术培训基地、中国痤疮临床诊疗示范基地、云南省中西医协同协作基地。2018年度全国419家三级公立中医医院绩效考核中，排名第76名、国家评测等级A级。
医院一院四区实际开放床位数1274张，其中交通院区588张；三元院区510张；南苑分院136张；麒麟分院40张。三元院区（肛肠专科医院）于2021年7月21日开诊投入使用，占地面积148亩，总建筑面积28.9万平方米，建有医疗综合楼、制剂楼、高压氧楼、全科医师临床培养基地、公租房及医院配套用房，设诊室280间，18个住院楼层设标准病房396间，设机动车停车泊位2200个。医疗综合楼是西南地区单体最大的中医医疗综合体之一，集门急诊、医技、住院为一体，能满足年200万以上门诊和5万人次以上住院患者的需求。
现有学科中心17个，医技医辅中心8个，国家级重点专科3个，云南省重点专科3个，云南省中医名科1个，云南省重点学科1个，云南省重点专病1个，曲靖市中医医疗质控中心3个，曲靖市中医名科4个。有职工1018人，其中博士生2人、研究生122人；高职99人、中职175人、711人为初级或其他；有云岭名医1人、云南省名中医4人、省级荣誉名中医1人、“珠源名医”2人、曲靖市名中医10人、曲靖市中青年学术带头人2人、云南省优秀青年中医10人、云南省中医药学科带人1人、云南省中医药学后备人才2人、全省优秀医疗卫生人员1人、曲靖市有突出贡献5人，曲靖市政府特殊津贴5人，有1人获云南省“科技兴乡贡献奖”
配置有GE高档64排螺旋CT、西门子高档32排螺旋CT、GE1.5T医用核磁共振、进口GE血管造影数字减影X线机、电子胃肠镜、椎间孔镜、进口奥林巴斯纤维支气管镜、GE彩色多普勒超声诊断仪、美国贝克曼全自动生化分析仪等多种先进设备以及高能激光治疗仪、干扰波治疗仪、冲击波治疗仪、调Q激光治疗仪等中医特色治疗设备847台。
建有云南省最大的院内中药制剂研发中心，按照GMP要求建设生产线4条，配备生产设备120余台，设有实验用房28间，配备检验仪器47种。获批准文号的制剂35个品种，其中获国家发明专利品种6个（紫丹软膏、消癥散、七叶硝矾涂剂、去炎酊、化痰平喘膏、芪桑清肺膏）；获国家外观设计专利品种3个（紫丹软膏、化痰平喘膏、金瞿通淋颗粒）；积极申报国药准字号制剂2个（紫丹软膏和金瞿通淋颗粒）；11个特色制剂品种进入云南省中医医疗集团调剂使用，深得省内外同行专家的公认和广大患者的信赖与好评。