复旦大学附属眼耳鼻喉科医院是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等眼耳鼻喉专科医院。医院由国家一级教授胡懋廉、郭秉宽等创办于1952年，创办时名为上海医学院眼耳鼻喉科学院；1955年，更名为上海第一医学院眼耳鼻喉科医院；1985年，更名为上海医科大学附属眼耳鼻喉科医院；2000年，复旦大学与上海医科大学合并，医院更名为复旦大学附属眼耳鼻喉科医院；2002年，在宝庆路19号增设第二执业点；2004年，医院获“上海市红十字眼耳鼻喉科医院”冠名；2006年，获第二冠名“上海市五官科医院”；2017年，在江月路2600号建造浦江院区并正式运行；2020年，“复旦大学附属眼耳鼻喉科医院互联网医院”正式上线；2022年，陕西南路科创中心正式启用，浦江院区二期规划正式获批；2023年，耀华路浦东院区正式启航；2024年，浦江院区二期项目正式开工。
医院设有眼科、耳鼻喉科、眼耳鼻整形外科、放疗科、麻醉科、急诊科、口腔科、护理部八个临床科室和放射科、病理科、药剂科、检验科、营养科五个医技科室。医院现有汾阳、宝庆、浦江、浦东四个院区，统一管理，提供同质化服务。汾阳院区位于上海市徐汇区汾阳路83号，占地33亩；宝庆院区位于上海市徐汇区宝庆路19号，占地2.4亩；浦江院区位于上海市闵行区江月路2600号，占地100亩；浦东院区位于上海市浦东新区耀华路389号，占地3.3亩。医院核定床位数894张，实际开放床位数755张。2023年总门诊量超312万人次，手术量超20.2万，医疗辐射全国各地。
医院的眼科和耳鼻喉科均为国家重点学科及临床重点专科。医院为国家药物临床试验机构和医疗器械临床试验机构，拥有国家卫健委听觉医学重点实验室和近视眼重点实验室、中国医学科学院内镜下鼻颅底肿瘤外科治疗技术创新单元、上海市视觉损害与重建重点实验室、上海激光与裸眼3D视觉健康工程技术研究中心，建有上海市耳鼻咽喉疾病临床医学研究中心、上海市听觉临床医学中心、上海市眼视光学研究中心、上海市近视矫治研究中心、上海市眼科临床质量控制中心，牵头筹建国家眼科专业质控中心、国家耳鼻咽喉科专业质控中心。医院也是国家卫健委眼科、耳鼻喉科住院医师规范化培训基地，上海市眼科、耳鼻喉科、麻醉科专科医师规范化培训基地。
2012年，医院王正敏院士领衔研发的国产首例人工耳蜗系列产品正式面世。2016年，医院成立眼科、耳鼻喉科两个研究院，整合资源，打造科研基础平台，实现临床科研一体化，权责利统一，推进“双一流”建设。2017年，在江月路2600号建造浦江院区并正式运行。2019年，成立临床研究和成果转化中心，加快推动临床研究，不断促进成果转化。2020年，医院成为上海市专利工作示范单位。2022年，陕西南路科创中心正式启用，进一步凝聚科研方向，推进视听相关产学研转化发展。2022年，医院成立医工交叉创新研究院，在基因治疗、光机电、数字化诊疗、生物医学材料等领域深入合作研发。2023年，医院成立基因和细胞治疗中心，旨在以造福患者为源动力，开展耳聋、眼病和头颈肿瘤等基因和细胞治疗。2023年，医院获得第二批市级医院示范性研究型病房建设立项，力争全面建成国内一流、国际先进的规范化、创新型和智慧化的示范性研究型病房。2023年，医院入选上海市医疗卫生系统知识产权运营中心。
医院现有员工1987人。其中拥有中国科学院院士1人、国家杰青6人、国家优青4人，上海市领军人才9人，上海市优秀学术/技术带头人15人，医师人数692人，高级职称人数311人，博士生导师63名，硕士生导师60名。
医院以临床需求为导向，坚持“四个面向”，聚焦于重大眼科学和耳鼻喉科学基础研究和转化应用，取得了丰硕的成果。医院承担的各级科研项目逐年增加，其中包括国家重点基础研究（973）项目、国家重大研发计划、国家杰青和优青项目等。近五年，医院获得各类科研项目649项。其中科技部重点研发计划、国家自然科学基金重大、重点项目、国家自然科学基金面上和青年等国家级项目202项。研究成果发表科研论文超2000篇，其中在The Lancet、BMJ、Nature Medicine、Nature Biotechnology、Nature Genetics、Nature Communications、Immunity、Circulation、Advanced Materials、Science Translational Medicine、Cell Research和Cell Discovery等高影响力杂志上发表SCI论文100多篇。获得专利授权238项。研究成果荣获国家技术发明二等奖、国家科学技术进步二等奖、教育部自然科学一等奖、上海市科技进步一等奖、上海市技术发明一等奖等高层次奖项。2022年，医院耳聋基因治疗团队研发出针对OTOF先天性耳聋的基因治疗药物，开展了全球首个先天性耳聋基因治疗临床试验，成功纠正聋哑患儿听力和言语，2024年发表于国际顶级医学期刊The Lancet和Nature Medicine，并被The Lancet选为封面导读，被国际同行评论为“开启了耳聋基因治疗新时代”。
2020年起，医院成立互联网医院，积极探索创新运营模式，“因地制宜”，以“小步快跑，快速迭代”的精神，结合智慧医院建设，来逐步实现医院数字化转型目标，为医患双方的使用范围、功能、便捷等方面提供持续改进服务。建立具有专科特色屈光档案、听力档案，提供全方位全周期的视觉、听力健康管理。通过绘制趋势图，将视力、听力趋势可视化，同步进行健康教育指导，对高危人群及患者进行早干预、早治疗，帮助患者追踪视力及听力情况。同步利用互联网医院完成患者随访复诊，开具检查及治疗电子处方及药品配送等服务，提供全方位、全周期眼视觉健康及听力健康管理。2016年以来，医院互联网医院已累计在线接诊数超60余万人次，患者满意度达98％。医院互联网医院入选首届互联网医院实践优秀案例百强，并以卓越案例收录到《2022中国互联网医院发展报告》和《2022互联网医院实践优秀案例集》。
2023年，医院通过整合数字化转型1.0和2.0成果基础上，引入新一代智能技术包括知识图谱、自然语言处理等，将其与数字化医疗服务相结合，将AI智能导诊分诊、精准预约、预问诊、以及电子病历联合贯通，提升患者诊疗效率，缩短在院等待时间，释放门诊空间，咨询累积点击量超600万人次。预问诊累积服务量近30万人次，医院四院区电子病历录入率均在90％以上。目前打造的数字化转型3.0，为进一步提高患者就诊的个性化需求和高效率要求，不断深化数字化“云”服务建设，打造出云客服、云导诊及云陪诊服务，建设数字孪生医院，实现就医流程的优化和个性化服务的提供，为未来元宇宙医院的功能扩展提供了建设基础。2021年至2023年，医院连续三年凭借卓越医疗服务模式与先进数字化技术应用，位列“便捷就医服务”数字化转型示范单位前三，充分彰显了医院在推动医疗服务现代化进程中的领先地位和示范作用。
2005年以来，医院连续荣获8届“上海市文明单位”称号，2020年荣获“全国文明单位”称号。面向“十四五”，五官科人将秉承“精诚、团结、求实、创新”的院训，为把医院建设成为“具有国际影响力的一流眼耳鼻喉专科医院和五官疾病亚洲医学中心”而不懈奋斗。