厦门市中医院（北京中医药大学东直门医院厦门医院）地处风景秀丽的海滨城市厦门岛几何中心，创办于1956年，2008年通过三级中医医院评审，2022年获批建设国家区域医疗中心，是一家中医特色鲜明、综合实力突出的三级甲等综合性中医院。编制床位1200张、开放床位1250张，现有建筑面积9.6万平方米、二期规划建筑面积7.4万平方米，由总院、南区、禾祥东门诊部组成。近年年均门急诊量220万人次，出院4.5万人次。

2021年国家公立三级中医医院绩效考核等级A级，福建省排名首位。2021年艾力彼中国中医医院百强排名40位。是国家卫生健康委建立健全现代医院管理制度全国试点、福建省3家名优中医院建设单位之一、福建省省级文明单位。

2017年由厦门市政府与北京中医药大学合作共建，成为北京中医药大学厦门医院（第八临床医学院），纳入北京中医药大学直属序列管理。同时是福建中医药大学附属厦门中医院、厦门大学教学医院、厦门医学院教学医院。为国家中医住院医师规范化培训基地，国家中医类别全科医师规范化培训基地，中华中医药学会中药临床药师培训基地，国家药物临床试验机构，福建省博士后创新实践基地。

现有肝病科、儿科2个国家临床重点专科，中医肝胆病学1个国家中医药管理局重点学科，肝病科、肛肠科、儿科、脾胃病科4个国家中医药管理局重点专科，骨伤科、风湿病科2个国家中医药管理局重点专科建设单位。脾胃病科、风湿病科、骨伤科、糖尿病科、针灸康复科5个省级医疗“创双高”临床重点专科（中医类）建设项目。中西医结合胆胰专科、中西医结合骨关节病、中医痔疮专科、中西医结合儿科、中药临床药学、中医护理、中医眼科等10个省级重点专科。肛肠科、中西医结合儿科、肝病科3个厦门市医学领先学科。肝病科、儿科获评艾力彼“中国中医医院最佳研究型专科”，肝病科、儿科、肛肠科、骨伤科、内分泌科、脾胃病科、心血管科、针灸康复科获评艾力彼“中国中医医院最佳临床型专科”。

现有职工1877人，其中高级职称419人，硕士博士409人。享受国务院特殊津贴专家4人，全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师7人，全国老中医药专家学术经验继承继承人16人，全国优秀中医临床人才13人，省级名中医3人，省级老中医药专家学术经验继承工作指导老师18人，继承人38人。国家级学会主任委员1人（中华中医药学会中医外科分会）、国家级学会常委以上23人，省级学会主任委员4人（福建省中西医结合学会肛肠分会、福建省中医药学会儿科分会、福建省中医药学会美容分会、福建省中西医结合学会心脏康复分会），省级学会常委以上23人。建有6个国家级名老中医工作室，2个省级名老中医工作室，6个市级名老中医工作室。建有福建省学术流派传承建设项目“厦门康氏肝病学术流派传承工作室”。通过院士工作指导平台、名医工作室及“双主任制”等柔性引进人才方式，聘任了陈可冀院士、中华中医药学会感染病分会主任委员谷晓红教授、上海交通大学医学院瑞金医院普外科主任彭承宏教授、国家中医药管理局热敏灸重点研究室主任陈日新教授等20余位顶级专家。

建有国家中医药管理局中医药防治传染病重点研究室，北京中医药大学肝病、儿科、中医外科3个IV级研究所，厦门市中西医结合肝胆疾病临床医学研究中心、厦门市盆底动力学重点实验室、分子病理实验室等科研平台。中医肛肠、中医骨伤、中医心血管、中医脑血管、中医肝病、中医消化、中医妇科、中医儿科、中医呼吸、中医风湿免疫、中西医结合内分泌、感染性疾病科、骨科、泌尿外科、普通外科、乳腺外科、耳鼻喉科18个专业具备开展药物临床试验资格，数量居福建省中医系统首位。

2008年成为国家中医药管理局中医药国际交流与合作基地，2017年获批国家中医药管理局对台中医培训交流基地建设项目，2022年成为国家中医药服务出口基地。累计有来自亚洲、欧美20余个国家和港澳台地区的外籍学者及华侨来医院进修学习。承办14届由国家中医药管理局和厦门市政府共同主办的两岸品牌会议——海峡两岸中医药发展与合作研讨会。举办对外（对台）中医适宜技术培训班累计80期，培训3000余人次，学员主要来自台湾、香港，近年来逐步拓展到马拉西亚、新加坡、菲律宾等东南亚国家，是中医药面向“一带一路”国家交流传播的重要窗口。