为全面体现政府公共卫生职能，适应疾病谱和医学模式改变，扩大疾病预防控制功能，增强城市公共卫生应急能力，优化卫生防病资源，提高公共卫生科技水平，1998年11月，在市委、市政府的重视下，上海按照预防归口、综合管理、网络统一、上下对口、机构整合、功能重组的原则，在原上海市防疫站基础上，实质性合并市劳动卫生职业病防治研究所、市寄生虫病防治研究所、市结核病防治中心、市皮肤病性病防治中心以及市肿瘤防治研究办公室、市心脑血管疾病防治研究办公室，在全国范围内率先组建成立了第一个省级疾病预防控制中心——上海市疾病预防控制中心，同时挂牌成立了上海市预防医学研究院。
上海市疾病预防控制中心是履行市政府公共卫生职能的专业技术机构，集疾病预防控制与应急、监测检验与评价、应用科研与指导、技术管理与服务、综合防治与健康促进为一体，旨在预防和控制危险因素、疾病、伤害和失能，提高全人群健康水平和生命质量。在继续加强传染病预防控制的同时，积极开展对慢性非传染性疾病和健康危害因素的预防控制，重点加强疾病预防的技术决策、信息综合、防治实施、应用研究和预防服务等功能。
在城市公共卫生安全保障方面，中心率先建成国家突发急性传染病防控应急队，开展公共卫生苗子事件监测处置，建立传染病症候群、病原综合监测系统，开展空气、饮用水、食品、职业、放射等全领域健康危害因素监测与评估。在人群健康服务管理方面，率先建成“五码联动”疫苗全程追溯管理系统，儿童免疫规划疫苗接种率始终维持在98％以上，实施老年人肺炎疫苗、儿童水痘疫苗免费接种；建立疾控中心、定点医疗机构和社区卫生服务中心“三位一体”的结核病、艾滋病管理模式；率先实现“以人为核心”的主要慢性病整合健康管理模式，慢性病规范管理率稳步提升，实施社区居民大肠癌筛查，肿瘤登记质量达到国际先进水平。
中心（含市预防医学研究院）编制数903个。2022年底，实际在编人员728名，其中专业技术人员702名，占96％。专业技术人员中，高级职称人员占30％，中级职称人员占34％，初级及未定级人员占36％；研究生学历占51％，本科学历占44％。
近年来，中心不断加强疾病预防控制能力建设，全面达成“十三五”发展规划各项工作目标，圆满完成上海市第五轮公共卫生体系建设三年行动计划，提升公共卫生风险综合监测预警能力和应急管理能力，提升新发突发传染病战时综合检测能力、溯源能力、预警和响应能力，推动“以人为核心”的全程健康管理模式转变，增强慢性病综合服务管理能力，深化健康危险因素监测干预，打造公共卫生医师规范化培训的“上海模式”。持续加快学科建设步伐，建设大数据与人工智能运用、病原微生物与生物安全、灾难医学与卫生应急管理、传染病学、流行病学、食品与营养卫生学、环境卫生学、劳动卫生学、核医学与放射卫生学和卫生检验学等重点学科。持续加强实验室能力建设，中心现有3个世界卫生组织认可的实验室，分别为国家级艾滋病病毒耐药监测网络实验室，脊灰亚国家实验室，麻疹/风疹亚国家实验室；7个省部级实验室，分别为上海市艾滋病研究中心、国家食品安全监测农药参比实验室、国家致病菌识别网上海市中心实验室、国家副溶血性弧菌实验室、国家化妆品监测评价重点实验室、国家食品复检机构、国家环境保护新型污染物环境健康影响评价重点实验室。持续开展实验室能力变更及扩项评审，现有实验室检验检测能力覆盖20大类，通过CNAS参数2650项，通过CMA参数2547项。二噁英和农药残留检测能力达到国际先进水平，人体生物监测达到国内领先水平。建成本市新冠病毒公共检测实验室，检测能力增至1.5万份/日，做到“一锤定音”。积极整合国际国内的资源，推进与国内外公共卫生机构的合作与交流，推进公共卫生学科发展、人才培养和业务水平的提升，建设博士后科研工作站，推进全市公共卫生医师规范化培训，大力培养具有国际视野的公共卫生人才队伍。
上海市疾病预防控制中心将着眼于落实“健康中国”“健康上海”战略，对照市委市政府《关于完善重大疫情防控体制机制健全公共卫生应急管理体系的若干意见》及相关配套文件精神和工作要求，继续秉承“曲突徙薪、博学明道、方寸纳海、健康为上”的疾控精神，全力推进疾控体系现代化建设，努力打造一流硬件、聚集一流人才、掌握一流技术、具备一流能力，向建成与“卓越的全球城市”功能定位相匹配、与“全球公共卫生最安全的城市之一”的目标相适应、国内领先、国际先进的疾病预防控制机构的目标迈进。