济宁市疾病预防控制中心成立于2005年12月，为正县级财政全额预算管理卫生事业单位，建筑面积25000余平方米，现有职工204人，包括博士3人、硕士80人，其中高级职称67人，设有泰山学者工作站和博士工作站各1处，现为山东大学、山东第一医科大学、济宁医学院等高等院校的实践教学基地。主要履行疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等基本职责。

近年来，济宁市疾病预防控制中心紧紧围绕“履职、创新、亮点、一流”的工作思路，不断强化疾病预防控制能力建设，承担了国家级流感、禽流感、手足口病和省级病毒性腹泻、狂犬病监测项目，组织并参加了2014年山东省首例人感染猪链球菌疫情、2017年山东省首起登革热暴发疫情及新冠病毒感染等多起重大传染病疫情的调查处置。

2020年，投入6300余万元在原中心实验室基础上改扩建成济宁市公共卫生检验检测中心，于2021年年底正式投入运营，实验室用房面积扩建至10000余平方米，实验室数量增加至80余间，新建生物信息学、细菌快速鉴定、基因测序、大气污染检测等实验室。现有15个生物安全二级实验室，其中负压生物安全二级实验室8个，实验室拥有illuminaNEXT2000高通量测序仪、illuminaMiseq中通量测序仪、QIAGEN多重病原检测系统、Bruker飞行质谱仪、QIAGEN数字PCR仪、齐碳三代测序仪、实时荧光定量PCR仪、流式细胞仪、倒置显微镜、多功能酶标仪、CO2恒温培养箱、高速冷冻离心机等价值5000余万元先进仪器设备。

2021年，在全省率先建成济宁市公共卫生监测预警指挥平台，综合运用大数据、人工智能等技术，构建起覆盖全市的疾病预防控制信息网络系统，实现传染病病例数据和症状监测数据的自动采集和智能预警。

2022年，在全省市级疾控中心中率先实现空编率、人均建筑面积、生物安全二级实验室数量等疾控中心标准化建设核心指标提前一年达标。

2023年，锚定党建引领作用更加凸显、监测预警系统智慧精准、卫生应急处置快速高效、高层次人才梯队加速形成、“一锤定音”能力更加坚实、疾控发展活力全面激发等“六大目标”，落实《济宁市疾病预防控制体系高质量发展三年行动方案（2023-2025年）》，全力打造全省公共卫生高地。

济宁市疾病预防控制中心不仅承担了全市疾病预防与控制的技术指导等业务工作，也在支援新疆、抗震救灾、大型活动应急保障等方面发挥了重要作用。连续多年被评为省级文明单位，先后被授予全省抗击新冠肺炎疫情先进集体、全省先进基层党组织、全省卫生健康工作先进集体、全国五四红旗团支部等荣誉称号。