阿坝县藏医院成立于一九八六年；原全国人大常委会副委员长、中国人民政治协商会议全国委员会副主席阿沛·阿旺晋美为阿坝县藏医院亲笔题词。历经38年，医院确立了以继承、创新、仁爱、奉献的院训。遵循全心全意为人民服务的宗旨，坚持“人民至上、生命至上”打造病人信任、员工自豪、同行尊重、社会满意的综合性民族医院。经过几代藏医人的不断努力；于2015年成功创建成为一所集医疗、教学、科研为一体的全民所有制“二级甲等”民族综合医院。
现全院占地面积约为12000平方米，建筑面积16000平方米。全员编制数60人，现有职工:109人，编制床位80张，实际使用142张；年门诊人次达到4万余人次，住院人次达4千余人次。业务收入达2000万余元。拥有螺旋CT，四维彩超、C臂、制丸机等30余台先进仪器设备，并且每年以百万为单位的速度递增设备。开设了门诊部、住院部、护理部、急诊室、麻醉科、手术室以及放射、彩超、心电、药剂等医技科室。我院拥有州级特色重点专科2个：外治科与药浴科，2023年总诊治病人达17864人次，费用总收入达300万元，针对患者均运用藏西医结合模式诊治病人，思路清楚，诊断明确，有效率为97.9％。
于2002年12月取得省内荣获藏药制剂许可证，积极传承与研发藏药，现有28种藏药已获得四川省食品药品监督管理局制剂注册批准文号。并在省内调节使用达109种。
院内生产丸、散、膏等131种剂型的藏成药。2023年投入465万元改造提升2000㎡制剂楼，达到GMP制剂标准，2024年3月已投入使用。我院将积极加大藏药制剂及藏药衍生品的投入来传承藏医药发展，发挥藏医药在民族地区的作用。力争在未来3年内，将我院藏药制剂打造成为州级重点科室。全体职工将克难奋进、群策群力，力争在今后的各项工作中再上新台阶。秉承传统藏医文化，充分发挥藏医药民族特色，坚持走藏西医结合道路，力争发挥藏医院的优势，为阿坝县医疗卫生事业的发展打下夯实的基础。