南华县中医医院创建于1987年10月，在县委、县政府及卫生行政部门的领导支持下，2009年4月开始新区建设，2010年12月实现整体搬迁正式投入使用。现位于南华县龙川镇龙坪中路16号，医院占地面积19.706亩，建筑面积14000㎡，业务用房9266.24㎡。是一所集医疗、急救、教学、科研、保健于一体的二级甲等公立中医医院，是云南中医药大学、保山中医药高等专科学校教学医院、昆明卫生职业学院非直属附属医院；首批省级中医药文化宣传教育基地；中医类别助理全科医生培训基地；云南省科学普及教育基地；设全国基层名中医张爱梅工作传承室、云南省优秀青年中医张清工作室、南华县名老中医张桦工作室。荣获州县级科技进步奖18项，其中获州级科技进步奖1项，县级科技进步奖17项，分别有一、二、三等奖。
继1996年达标成为二级乙等中医医院后，于2012年第一批通过二级甲等中医医院评审。
1999年被州委、州政府授予“州级文明单位”称号。2001年和2003年分别被评为“医保工作先进单位”。2006年被共青团楚雄州委评为“五四红旗团支部”；同年被州卫生局评为“行业作风建设先进集体”以及“医德医风示范单位”。2007年外科被共青团云南省委、省卫生厅授予“青年文明岗”荣誉称号。2013年医院被楚雄州总工会评为“先进职工之家”，同年被州、县两级人民政府评为“敬老文明号”单位。2014年被南华县委评定为“基层党组织建设示范点”；同年原院长任斌被云南中医学院聘为硕士研究生导师。2015年被省卫计委确定为首批省级中医药文化宣传教育基地；同年被省卫计委确定为中医助理全科医生培训基地；脾胃病科（内三科）被楚雄州卫计局确定为全州首批5个“楚雄州重点中医专科（专病）建设项目。2016年被云南省住房和城乡建设厅评为云南省园林单位，被县委、县政府评为“文明单位”，被县委、县政府评为“南华县第三轮防治艾滋病人民战争先进集体”；同年我院的张爱梅、张桦两名医生被评为县级名老中医。2017年在第二届云南省“互联网+中医药”创新创业发展论坛上，荣获“全省中医医院官方微信运营优秀奖”、“2017云南中医·大众科普传播团体杰出贡献奖”；被楚雄州委、州政府评为“文明单位”；楚雄州第一届护理品管圈大赛中针推科的艾香圈、内一科的优优圈分别取得三等奖和优秀奖；张清副主任医师荣获“第五届云南省优秀青年中医”；杨春彦主治医师在2017年楚雄州卫生技能竞赛中获“三等奖”，并授予“2017年楚雄州卫生应急技术能手和技能标兵”的称号。2018年任斌主任医师被楚雄州委、州政府评为“彝乡名医”。2019年被评为“云南省科普教育基地”；任斌主任医师被聘为中国针灸学会科普宣传专家。2020年1月1日顺利通过昆明卫生职业学院非直属附属医院评审；2020年11月我院顺利通过县级中医医院综合服务能力提升达标验收；窦蓉芳副主任医师荣获“第六届云南省优秀青年中医”荣誉称号；李雄俊主治医师被县委、县政府评为“南华县第三批县级优秀专业技术人才”。2021年5月15日楚雄彝族自治州中医医院刘金才、刘春贵、李育红三位专家团队工作站建站；2021年9月成为楚雄州人民医院心脏康复中心南华分中心；检验科新冠病毒核酸检测实验室通过第一次验收并于2021年11月13日投入使用。
截至2022年1月，全院在岗职工266人，医院床位285张，设有临床科室12个：针灸推拿科、肺病科、心内科、脾胃病科、妇儿科、外科、骨伤科、急诊科、麻醉科、中彝医康复科、治未病科、名医馆；医技科室3个：超声科、检验科、放射科；职能部门10个：党办、院办、医务科、护理部、公卫科、感控科、医保办、人事科、科教科、社会事业部；保障科室3个：药剂配液科、信息设备病案科、后勤科；其中脾胃病科、治未病科、中彝医康复科及肺病科为州级重点专科。