从2006年6月份开始筹备疾控中心和卫生监督所二机构的分设工作。按照县委办公会议纪要精神，按原岗位分流职工，按二单位的人员比例分离退休人员。2006年8月份开始二单位正式分开运行;2007年11月29日，搬迁到五云镇翠竹路89号办公。

缙云县疾病预防控制中心是集疾病预防控制、卫生监测检验与评价、健康教育与促进、应用研究与指导、技术管理和服务为一体的公共卫生事业综合机构。中心现有7个职能科室:办公室、疾病控制科（应急办、艾滋病防治办公室）、传染病防治科、地慢科（结核病防治办公室）、卫生科（健教科）、检验科、预防医学门诊部。

疾控中心现有在编职工31人，其中卫技人员27人，包括副主任医（技）师3名，主管医（技）师12名，医（技）师9名，医（技）士及以下3名。其他专业人员中级1人、初级3人（财务2人，驾驶员2人）。另有退休职工8名。

中心配备了艾滋病初筛实验室、原子吸收分光光度仪、气相色谱分析仪、酶标分析仪、紫外分光光度计、生化分析仪、透视X射线机等一批先进的检测、诊疗仪器和设备。2003年6月中心实验室通过浙江省技术监督局计量认证现场评审专家组的评审，取得了计量认证合格证书。