盐边县疾病预防控制中心是承担全县疾病预防控制任务的公益一类事业单位，地址盐边县桐子林镇西环南路47号，于2003年根据《盐边县机构编制委员会关于同意盐边县卫生局撤销县卫生防疫站、血防站、皮防站，重新组建县卫生监督所、县疾病预防控制中心的批复》（盐边编发〔2003〕08号）成立，核编40人。2014年，根据《中共盐边县委机构编制委员会关于同意将盐边县康复院部分职责及编制人员划转到盐边县疾病预防控制中心的批复》（盐边编发〔2014〕21号）文件要求，增编至45人，康复院历史麻风病人的医疗职责同时划转到县疾控中心。2016年卫生计生整合，计划生育药械管理职能划转县疾控中心，中心增编至46人。2018年，县促进基本公共卫生服务均等化技术指导中心职能划转县疾控中心
现有在职在岗人员36人，其中高级职称8人，中级职称8人，初级职称17人，管理和工勤人员各3人。
中心承担着全县传染病信息报告管理和控制；突发公共卫生事件应急处置；免疫规划管理；艾滋病、结核病和乙肝等重大传染病防控；血吸虫病、麻风病、地方性氟中毒、碘缺乏病、克山病等地方病监测防控；登革热、流行性出血热、疟疾等虫媒传染病监测与防控；14项基本公共卫生服务项目工作的检查、指导和考核；农村生活饮用水、学校卫生、公共场所卫生、职业卫生监测与评价；以及省、市、县下达的临时指令性工作。
中心科室设置8科室1中心：即综合办公室、流行病与免疫规划科、卫生监测科、慢性病与地方病科、检验科、健康教育科、性病艾滋病科、质量控制管理科及促进基本公共服务均等化技术指导中心，其中：卫生应急办公室（由流行病与免疫规划科兼管）；麻风病综合防治医务室（由地慢科兼管）艾滋病防治综合管理办公室（由性病艾滋病科兼管）。