中国中医科学院中药研究所始建于1955年，是我国成立最早的一所国家级研究中药的专门机构。自1983年起被确认为世界卫生组织传统医学合作中心。我所屠呦呦研究员由于发现青蒿素，2011年被授予拉斯克临床医学研究奖，2015年获得诺贝尔生理学或医学奖和哈佛大学医学院华伦●阿尔波特奖，2016 年获得国家最高科学技术奖。2019年，屠呦呦研究员在“建国七十周年大庆”前夕，因为为人类健康和中医药科技创新做出了重要贡献而被授予“共和国勋章”。
中药研究所经过六十六年的科学研究实践，培养造就了一批从事文献、中药资源及品种鉴定、化学、分析、炮制、制剂、药理、毒理和新药研发的科技骨干。全所现有职工500余人，设有中药理论与本草文献研究中心、生药研究中心、中药化学研究中心、分析化学研究中心、中药制剂研究中心、中药炮制研究中心、中药药代动力学研究中心、中药药理研究中心、生物力药理学研究中心、中药安全评价中心（GLP）、 中药注射剂安全性研究中心、中药新药研发中心、中药生物技术研究中心、中药数据中心、整合中药学研究中心、雾化吸入制剂研究中心和期刊部，以及挂靠管理单位中国中医科学院中药资源中心、中国中医科学院青蒿素研究中心。全所现有1个国家工程实验室，1个北京市重点实验室，2个国家中医药管理局重点研究室，5个国家中医药管理局三级中医药实验室，4个国家中医药管理局重点学科等。主办国家级学术期刊《中国实验方剂学杂志》和《基层中医药》，承办国家级学术期刊《中国中药杂志》。设有中药学、中西医结合基础硕士研究生、博士研究生培养点及中西医结合基础、中药学博士后流动站。
中药研究所构建了中药理论、中药产业关键技术、中药创新药物关键技术等完善的中药基础和应用基础研究、中药新药研发的技术平台。中药理论研究重点进行中药药性理论、方剂配伍原理、炮制原理等研究。中药产业关键技术研究主要围绕中药产业发展中的瓶颈问题，重点进行中药鉴别与质量控制、中药炮制、中药制药工程化以及中药资源的可持续利用等研究，为中药产业现代化提供技术支撑。中药创新药物关键技术研究主要围绕中药新药创制的核心环节，重点进行中药信息与数据挖掘、活性筛选与药效评价、化学提取与分析、中药制剂、中药代谢、药理、毒理及安全性评价等共性关键技术的研究。目前承担国家自然科学基金重点课题、国家科技支撑计划课题、国家重大新药创制专项、国家重点研发计划等项目260项。已获科研成果奖项354项，其中国家级奖项27项；开发新药33个，出版中医药著作257部，发表论文5910余篇。
近年来，中药研究所在高水平论文发表、成果获奖、项目经费、新药研发、企业服务、人才引进、国际合作、环境设备升级等方面均取得了长足的发展。近五年，在国际知名杂志The Lancet，Nature Medicine，Nature Communications，Angewandte Chemie-International Edition，The New England Journal of Medicine，Molecular Plant， Trends in Pharmacological Sciences，Nucleic Acids Res等发表SCI论文760余篇。一批高水平科研成果获奖，其中包括国家科技进步一等奖，中国出版政府奖，中国民族医药协会科学技术进步奖特等奖、一等奖，中华中医药学会科学技术一等奖，中国中西医结合学会科学技术一等奖，李时珍医药创新奖，高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）科技进步一等奖等，获奖成果水平明显提升。纵向课题经费创历史新高，承担国家各类重大科研项目数量稳步增长。新药研发实现跨越式突破，金柴抗病毒胶囊、舒咽片、金草提取物、金草片、双氢青蒿素片、黄连解毒丸、保心颗粒、檵木颗粒等获得国家新药临床批件。我所全面深度参与抗新冠肺炎中药新药--清肺排毒颗粒和化湿败毒颗粒研制工作。两个抗疫新药均已获批上市。我所荣获“全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进集体”称号。近年来，我所横向服务合同额和到位经费快速增长，科研转化能力大幅加强。从美国、英国、德国、荷兰、日本等国际知名大学和研究机构引进一批具有海外研究背景的优秀科技人才，提高了人才队伍国际化水平，优化梯队结构。
与WHO、美国、奥地利、挪威等80余个国家、地区和国际组织进行科技项目合作和人才交流。我所作为WHO传统医学合作中心与荷兰莱顿大学共建“中欧中医药及天然产物研究中心”，与奥地利格拉兹大学共建“中奥合作研究中心”，与澳门大学共建“澳门中医药研发中心”，与英国利兹大学共建“生物力药理学合作中心”。现拥有600兆核磁共振等3.8亿元科研仪器和设备。