曲靖市第三人民医院始建于1978年12月，原名曲靖地区精神病医院，1985年更名为曲靖地区第三人民医院，1997年曲靖撤地设市改为曲靖市第三人民医院。曲靖市三院是滇东北地区唯一的一所三级甲等精神病专科医院，2022年门诊量83188人次，出院患者5679人次。
2011年3月加挂“曲靖市精神卫生中心”。2012年7月被云南省卫生厅确定为“云南省精神卫生人力资源滇东北片区培训基地”，是曲靖医学高等专科学校实习医院和曲靖市高校毕业生就业见习基地。2014年4月，云南省精神病专科医院中第一家创建“三级甲等专科医院”。2017年3月，评为“云南省住院医师规范化培训精神科专业基地”。曾荣获省、市、区级“文明医院”、“文明单位”称号。曾荣获2019年度曲靖市五一劳动奖状。2022年1月综合内科门诊开诊，2022年3月通过了云南省三级甲等精神病专科医院复评审现场评审，2022年4月完成了国家药物临床试验机构（GCP）建设和精神科、老年病科两个专业组备案，2022年5月与曲靖市一院、曲靖市妇幼保健院签订了紧密型医疗联合体协议，并在市一院和妇幼保健院开设了心理门诊，2022年6月成为云南省精神病专科联盟成员，2022年7月成为云南省精神疾病临床医学中心分中心建设单位，在疑难疾病诊治、学科建设、人才培养、学术交流、科研成果转换方面搭上了“省级团队”快车，2023年1月内科住院病区成立开始收住病人，2023年3月精神科开放病区成立开始收治病人，2023年8月儿童青少年服务中心成立开始收住病人，2023年8月我院精神病专业获批成为云南省省级临床重点专科建设单位。
曲靖市第三人民医院是曲靖市医学会精神医学、心身医学、行为医学、整合医学、临床心理五个专委会主委单位和睡眠医学学组组长单位，也是曲靖市精神卫生质控中心和曲靖市护理学会挂靠单位。