西藏自治区疾病预防控制中心成立于2004年，是由原西藏自治区防疫站与西藏自治区地方病防治研究所合并成立，是西藏自治区卫生健康委员会直属的一级公益性事业单位。加挂国家食品安全风险监测西藏中心、西藏自治区包虫病防控技术指导中心、西藏自治区基本公共卫生服务均等化技术指导中心、西藏大学医学院预防医学本科生实践基地、国家卫生健康委员会包虫病综合防治研究重点实验室等。
中心现有两个工作区域，占地面积32360平方米，建筑面积23605平方米。中心固定资产价值约1.2亿。中心用地面积3.24万平方米，其中：中心办公区用地2.4万平方米，第二工作区0.84万平方米。实验室有1.45万平方米，业务科室用房有0.54万平方米。中心拥有生物安全三级实验室1套，生物二级实验室6套。拥有包括流式细胞仪、全自动生化分析仪、全自动酶免分析仪、全自动细菌鉴定系统、全自动毛细管电泳仪、多种核酸检测仪、数字PCR仪、荧光定量PCR仪、脉冲场电泳仪、超速离心机、气-质联用仪、飞行时间质谱质谱仪、电感耦合等离子体质谱仪等大型仪器设备，价值约8000万元。
主要承担着疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、食品安全风险评估、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究等七大项163子项的工作，另外，根据我区疾病防控特色，还承担着全区包虫病综合防治培训技术指导工作，以及全区基本公共卫生服务技术指导、爱国卫生运动技术指导等工作。
自治区机构编制委员会于2011年《关于自治区卫生厅所属事业单位机构编制批复》（藏机编发〔2011〕20号）文件精神，自治区疾病预防控制中心核准为正县级全额拨款事业单位。内设18个正科级机构，4个行政职能部门，14个业务部门。事业编制245名，其中：县级领导职数5名，内设机构科级领导职数36名。目前，中心在岗在编228人，其中专业技术人员共计198人，管理与工勤人员31人。其中高级职称25人，中级职称55人，初级及以下118人，高：中：初职称比例为1.2:2.8:6，专业技术人员占在编在岗人数86.4％。核定专技人员203人，占编制总人数的83％。现有研究生学历8人，本科160人，大专及以下60人。性别结构：男82人，占36％；女146人，占64％。现有西藏大学医学院预防医学系外聘教授1名，副教授17名。
近三年，中心专业技术人员发表科技论文174篇，其中SCI3篇、核心期刊64篇、国家级期刊73篇、省级期刊34篇，论文被引用247篇（次），主持与参与编纂专著3部。参与国家科技重大专项、重点研发计划、国家自然基金项目、青藏高原科学考察项目以及其他省部级课题7项，课题经费达648万。承担西藏自治区科技计划项目与自然科学基金项目5项，课题经费达161.6万。拥有自治区科学技术带头人1名。国家基本公共卫生服务项目基层高血压管理专家委员会委员1名，中国疾病负担研究专家委员会委员1名，各类国家级专业学术学会专业分会委员12名。近5年，年均培训基层专业技术人员3000人（次），涉及市（地）、县（区）疾控中心与部分医疗机构。
近5年，委派21人（次）参加中国疾控中心西部地区现场流行病学培训项目，顺利毕业19名学员。西藏自治区一线人员现场流行病学培训项目顺利举办2期，培训27名合格的一线现场流调专家。依托西藏自治区少数民族干部特培计划，年均委派1-2名专业骨干赴兄弟省市疾控中心或大学进修，依托10大院校研究生培养机制，培养了10名硕士研究生。
中心成立16年以来，在自治区党委、政府的坚强领导下，在自治区卫健委的正确领导下，全体干部职工坚持与时俱进、开拓创新的思想，本着深化改革、强化管理、预防为主、服务为上的宗旨，以及“内强素质、外塑形象”的工作理念，进一步认清形势、明确要求，在全面加强自身业务建设的同时，狠抓落实各项工作任务，不断提高对重特大疫情、突发公共卫生事件的处置、应对能力，切实提高对全区疾控工作的指导和管理水平，积极探索符合我区实际的疾控事业发展途径，引领并推进我区疾控工作向科学化、规范化发展和进步，为西藏实现跨越式发展和社会局势的长治久安发挥积极的作用。