温州市疾病预防控制中心于2000年7月根据温政办〔2000〕19号文件撤消原温州市防疫站、原市结核病防治所、原市皮防站、原市健康教育所，合并成立作为市卫健委领导下具体实施政府疾病预防控制职能的全额拨款的全民事业单位，是温州市疾病预防控制、卫生检验监测、健康教育、科研培训等业务技术的指导中心、信息管理中心、人才培训中心。

目前市疾控中心编制152人，在编145人，硕士学历37人、本科68人，占72.41％；专业技术人员131人，其中高级技术职称40人，占30.53％；中级技术职称56人，占42.75％。现设职能科室6个、业务科室13个。主要负责全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等工作。

多年来，该中心始终坚持以人为本、开拓创新，不断完善突发公共卫生应急体系，履行疾病防控职责，取得了显著的成效。近年来，市疾控中心加强传染病的预警和监测能力，及时处置各类突发公共卫生事件，在“非典”、禽流感、霍乱、手足口病、艾滋病、结核病、麻疹、甲流等重大传染病的防控工作中发挥了重要作用。

该中心先后获“全国疾病预防控制先进集体”、“全国医药卫生先进集体”、“全国结核病防治先进集体”、“创建国家卫生城市工作先进集体”、“浙江省卫生应急工作先进集体”、“省食品安全风险监测工作先进集体”、“浙江省疾病预防控制先进集体”、“浙江省五四红旗团支部”等多项荣誉。