哈尔滨医科大学附属第六医院是一所集医疗、教学、科研、预防保健和人才培养为一体的大学附属公立三级综合性医院，也是哈尔滨医科大学儿科系所在医院，拥有黑龙江省儿童血友病诊疗中心、省级危重新生儿救治中心、省妇女儿童医学中心。医院以构建东北亚创新医学中心为定位，以“大专科、小综合”为特色，坚持高起点、高标准、高质量的要求；秉承“守德尚学敦医笃行”的院训，以立德树人、传承伍连德精神、践行巴德年思想、立牢“学生、学者、学术、学风”为理念，以“患者至上、员工至尊、医德至善、技术至精”为核心价值观，以建设成为“国内一流、国际有影响力的医疗中心”为最终目标。
依据哈尔滨市人民政府常务会议纪要精神，于2022年7月与哈尔滨市儿童医院进行整合，并将哈尔滨医科大学各附属医院的新生儿科、儿内科、儿外科、生殖医学科、产前诊断等一系列学科迁至六院。整合后医院占地面积16万平方米，编制床位1400张，其中江南院区编制床位900张，江北院区编制床位500张，现有职工1616人。两个院区统一规划，错位发展，以龙江妇女儿童健康保健、疾病防治为重点，以建设省内一流特色学科，以切实提高妇女儿童医疗服务水平为目标。临床专科设置齐全，有小儿普外科、小儿泌外科、小儿骨科、新生儿外科、消化内科、呼吸内科、内分泌科、感染内科、风湿免疫科、血液内科、乳腺科、心外科、胸外科、NICU（新生儿重症医学科）、PICU（儿科重症医学科）、行为发育科、妇科、产科、皮肤科、超声科、检验科、病理科、影像科等临床和医技科室，构建以国家儿童区域医疗中心为核心，辐射全省及周边省份，形成妇儿疑难复杂、罕见病及危重症转运救治网络。
医院拥有医学影像科等7个省市领军人才梯队、国家级儿科、儿外科住院医师规范化培训等12个基地，以及1个博士后科研工作站。有教学经验的博导、硕导多人，能够引领主要疾病的临床研究，及时做好研究成果的临床应用转化。
医院医疗设备先进，检查项目齐全，配备有超高端悬吊4D动态DR机，Hologic数字乳腺三维断层摄影系统，飞利浦最新一代256排领航智慧CT以及目前最先进的西门子3.0T磁共振Skyra。治疗相关设备包括西门子最新移动骨科C型臂，西门子智能血管造影系统ArtiszeeIIIfloor等。
哈尔滨医科大学附属第六医院全体员工将竭诚为全省及周边省份妇女儿童健康保驾护航。