遵义市疾病预防控制中心是全额预算拨款独立法人的正县级事业单位，其前身遵义专署防疫队成立于1955年12月，1958年8月改建为遵义专区卫生防疫站，1970年改建为遵义地区卫生防疫站，1997年7月遵义撤地设市后更名为遵义市卫生防疫站，2003年11月，按照全国卫生防疫体制改革要求，原卫生防疫站一分为二，成立遵义市疾病预防控制中心和遵义市卫生监督所。中心原地址位于汇川区洗马路47号，于2020年3月搬迁至新蒲新区新龙大道与平安大道交汇处。
中心现有用房总面积9800㎡，其中实验室面积4800㎡，拥有方舱实验室、新冠病毒检测实验室、艾滋病确证实验室、流感实验室、麻疹实验室、理化检验室等多个实验室。