毕节市疾病预防控制中心成立于2002年4月17日，系当时的毕节地委、行署按照国家相关规定在撤消原毕节地区卫生防疫站、毕节地区皮肤性病防治所、毕节地区结核病防治所的基础上合并组建的副县级卫生事业单位，当时称毕节地区疾病预防控制中心，2011年底因撤地设市，更名为毕节市疾病预防控制中心。2015年1月机构升格为正县级卫生事业单位。主要担负全市疾病预防控制工作的业务培训、技术指导、督促检查、考核评比以及项目实施、较大以上疫情与突发公共卫生事件预防与应急处理的组织、协调、指挥和处置任务。中心内设办公室、总务科、流行病科、慢性病科、职业病科、卫生监测科、健康教育信息科、检验科、艾滋病性病防治科、应急办共2室8科，均为正科级。人员编制原为80人，2014年被削减3人，现为77人。现有在册正式职工73人，其中：大学本科32人，大学专科31人，中专10人；管理岗位5人，高级职称14人，中级职称27人，初级职称18人，高级工3人，中级工4人，初级工2人。目前有2人在贵阳医学院攻读硕士。另有临聘人员15人。有国家财政拨款修建的业务办公综合楼1幢，建筑面积3216平方米，总投资390万元人民币，已于2005年5月正式投入使用，另有其它辅助用房1200平方米；有汽车8辆，冷库7座，计算机70台，传真机8台，复印机2台。
中心自成立以来，在国家和省、市的领导和支持下，不断加强疾病预防控制能力建设，2007年起先后获得实验室质量认证证书、职业卫生服务机构和职业健康检查机构资质，2009年获得辐射安全许可证。中心实验室现有原子荧光分光光度计、气相色谱仪、高效液相色谱仪、离子色谱仪、原子吸收分光光谱仪、全自动消解装置、多重食源性致病菌核酸检测系统、全自动酶标仪、PCR扩增仪、流式细胞检测仪等监测检验仪器设备83台件，其中万元以上仪器设备46台件；检测项目A类108项，B类14项。
中心始终坚持预防为主的卫生工作方针，不断强化专业特色，疾病预防控制能力逐步向高、精、尖发展。工作中认真履行职责职能，在疾病预防控制工作中不断做出突出成绩，部分工作已从全省排名挂末跃居前列，有力地保障了全市人民身体健康和生命安全，为全市改革、发展、稳定和社会经济建设作出应有的贡献。