前身是1960年4月组建的甘孜州卫生防疫站，2003年疾控体制改革时组建为甘孜藏族自治州疾病预防控制中心。中心是从事疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益一类事业单位，主要承担辖区内疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术指导与应用研究7大职能25个类别255项具体工作任务。半个世纪以来，中心认真贯彻“预防为主”的卫生工作方针，在各级党政和卫生行政主管部门正确领导和关心支持下，历经疾控人员的艰辛创业，励精图治、锐意改革、求实奋进、开拓创新，创建了康巴疾控事业的光辉业绩，走过了康巴疾控事业从无到有、从小到大并逐步发展壮大的光辉历程，为保障群众身体健康和生命安全做出了积极贡献。

中心现有职工69人，其中专业技术人员57人，高级职称6人。

中心下设办公室、疾控一科、疾控二科、疾控三科、疾控四科、卫生科、检验科、质控科七科一室，及工青妇群团组织，是一个藏、汉、回等多民族组成的大家族。

经几代疾控人的努力，全州传染病总发病率有了大幅度下降，建立了从县到州到省直至国家卫生部的传染病疫情与突发公共卫生事件报告网络系统和各种疾病专报网络系统，传染病监测工作得到了进一步加强。通过持续落实防控措施，鼠疫、包虫病重大传染病防治工作取得显著成效；通过强力推进全州预防接种规范化、精细化管理工作，疫苗针对传染病发病率大幅度下降；全面推行结核病“三位一体”新型防治服务体系，强化病人管理，肺结核发病率呈现下降趋势；建立艾滋病“三线一网底”管理机制，防治工作有力推进；持续开展大骨节病、碘缺乏病、地氟病等防控工作，地方病防治工作成效显著。先后荣获国家、省、州授予的“先进集体”、“先进科研集体”等荣誉称号、表彰奖励70余次，科研成果奖20多项。涌现出一批全国、省、州先进个人、先进工作者和有突出贡献的专家。

（一）传染病总发病率稳中有降。进一步健全完善了疫情报告网络和预警预测制度，传染病监测、报告灵敏度日益提高，报告管理工作质量得到了提高。近年来，随着包虫病、结核病、艾滋病等重大疾病防控项目大力推进，全州落实综合防控、强化监测、狠抓质量，在切实加大传染病发现和报告力度的情况下，传染病总发病率仍然呈现出稳中有降的趋势。

（二）免疫规划取得阶段性成效。实现了消灭天花、消灭脊髓灰质炎目标。1995年以来未报告脊灰病例，约保护30万儿童免于发病、死亡或残疾。近年来，全州高度重视接种安全，强力推进精细管理，切实加强督促指导，对保护儿童健康，减轻家庭和社会负担、促进社会稳定和经济繁荣起到了重要作用。

（三）重大传染病防治成效显著。

鼠疫防治：多次成功举办全省鼠疫现场培训和人间鼠疫应急处置演练，得到国家、省专家高度评价，成为四川省鼠疫应急演练的典范和模板。2016年，鼠疫防治甲级重点专科通过省级验收评审并授牌，标志着我州鼠疫防治走在全省前列。

结核病防治：全面推行结核病控制策略，健全、完善了结核病防治服务体系，防治工作取得了积极成效。

包虫病防治：掌握了全州流行情况，总结多年有益防治经验，编制了《甘孜藏族自治州包虫病综合防治工程规划》，为推进甘孜州、四川省乃至国家包虫病防治工作进程提供了参考和借鉴，防治效果初步显现。

艾滋病防治：目前疫情在全省处于低流行区。

乙肝防治：2002年乙肝疫苗纳入计划免疫以来，约保护20万人免于发病，避免直接经济损失约20亿元。乙肝疫苗预防接种取得明显效果。

（四）健康危害因素监测再上台阶。近年来，州疾控中心努力克服人员量少质弱、设备陈旧老化等重重困难，从无到有，着力完善健康危害因素监测体系，通过计量认证检测项目250项、食品检验机构认证项目158项，建立和完善了全州食品与饮水监测体系，实现了职业卫生与放射监测零突破，在环境卫生、学校卫生、食品卫生服务等方面再上新台阶，提高了全州健康危害因素监测水平。

（五）突发公共卫生事件大幅下降。“十二五”期间，我州突发公共卫生事件报告数较“十一五”期间下降了80％以上。