四川省疾病预防控制中心（以下简称“中心”）成立于2002年1月11日，由四川省卫生防疫站、省劳动卫生职业病防治研究所、省寄生虫病防治研究所、省地方病防治研究所和省结核病防治所合并组建，是主要从事疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的省级公益一类事业单位。同时挂有“四川省预防医学科学研究院”和“四川省卫生监测检验中心”的牌子。依法承担疾病预防控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导等公共职能。
中心设有9个职能处室和16个专业部门。现有建筑面积4.5万㎡，拥有超高液相-四级杆-飞行时间串联质谱仪、高效液相色谱-串联四级杆质谱、全自动DNA分析仪、流式细胞仪、超高效液相色谱三重四级杆串联质谱仪、气-质-质仪、全自动实时荧光定量PCR检测系统等1564套（件）仪器设备。位于成都市天府新区的省卫生监测检验暨包虫病防治中心项目正在建设中，项目占地37.97亩，建筑面积4.4万㎡，预计2021年投入使用。
中心为”三级甲等“疾控中心。现有技术服务资质10项，其中国家级5项，省级5项；24类1117项检验检测项目通过认证认可，开展A类检验项目355项，开展率达96.21％。中心建有血吸虫病流行病学、包虫病流行病学及防治、现场流行病学、结核病流行病学4个省医学重点学科；艾滋病确认实验室、病原微生物分子生物学实验室2个省医学重点实验室。与四川国际旅行保健中心共建有“口岸疫病疫情监测四川省重点实验室”，在建“中毒理化检测实验室”省医学重点实验室。
中心现有国家卫生计生突出贡献中青年专家1人；四川省“天府万人计划”天府名医1人；四川省学术技术带头人4人，后备人选2人；国务院政府特贴专家6人；省突出贡献专家5人；省卫生计生首席专家1人；省卫生计生领军人才1人；省卫生计生委学术技术带头人17人；省卫生计生委突出贡献中青年专家3人；4名退休专家荣获“四川省医疗卫生终身成就奖”；46人荣获四川省首届“新时代健康卫士”。中心积极开展疾病防控科学研究，截至到2019年共获得专利22项，各级科技成果奖65项，累计发表的SCI收录论文90余篇。主办有《预防医学情报杂志》、《职业卫生与病伤》、《寄生虫病与感染性疾病》3个科技期刊。组建有艾滋病攻坚、病原微生物监测与识别技术、气象敏感性疾病研究、慢性病防治4个科研技术团队，成立了疫苗临床研究中心，与中疾控共建“院士工作点”。与17个国家和地区建立了良好的合作关系，开展多项国际合作项目。先后有5位引智项目的外国专家获得四川省政府“金顶奖”，2位专家获得国家“友谊奖”。
中心是中国疾病预防控制中心现场流行病学、全国艾滋病防治区域培训两个国家级培训基地。中心建有四川省现场流行病学培训项目，也是国家疾控机构公共卫生医师规范化培训试点单位，每年面向全省各级疾控中心招收学员。中心是美国加州大学、科罗拉多大学、弗罗里达大学、法国孔泰大学、日本旭川医科大学的博士生实习点，是四川大学、四川师范大学、西南医科大学、成都医学院等7所国内院校的教学实习基地，有15名专家被四川大学华西公共卫生学院聘为兼职教授或副教授，5名专家被成都医学院聘为研究生导师。
中心先后获得国家相关部委、省委省政府及其他相关机构组织的多项表彰。主要有卫生部、国家食品药品监督管理局、国家中医药管理局“全国抗震救灾医药卫生先进集体”，省委、省政府“四川省抗震救灾模范集体”，省委、省政府“抗灾防病先进集体”，省委“全省先进基层党组织”，省政府“四川省民族团结进步模范集体”，国际艾滋病联盟“最佳管理协调奖”，以及四川省人事厅、省卫计委、省中医药管理局“四川省卫生系统抗震救灾先进集体”，省人社厅、省爱国卫生运动委员会“全省爱国卫生运动60周年先进集体”，省医药卫生系统创先争优活动指导小组“全省卫生系统创先争优先进集体”，省人社厅、省档案局“全省档案工作先进集体”等。
中心在省委省政府、省卫生健康委的领导下，坚持新时期卫生与健康工作方针，围绕“西南领先、全国优秀”建设目标，改革创新，锐意进取，求真务实，履职尽责，推动疾病防控工作全面深入开展，努力为群众提供全方位全生命周期健康服务。