新余市疾病预防控制中心是2004年在原市卫生防疫站的基础上重新组建的副县级全额拨款事业单位，主要承担全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与控制、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进等工作任务。
单位人员编制56人，内设科室9个，专业技术人员48人，其中高级职称13人，中级职称23人。内设办公室、传染病防制科、免疫规划科、艾滋病结核病防制科、慢性病地方病防制科、公共卫生科、职业病防制科、检验科、健康教育科共9个科室。中心实验室现有PCR实验室、P2实验室、微生物实验室、艾滋病确证实验室、结核病参比实验室、血清免疫实验室和健康相关产品卫生质量理化检测实验室等，实验室检验检测能力项目A类209项，B类48项。2020年以来，市疾病预防控制中心作为市内首家开展新冠病毒核酸检测的机构，做到第一时间准确地出具检测报告，在全市新冠肺炎疫情防控中发挥了“一锤定音”的作用。
一直以来，中心全体干部职工立足本职工作，充分发挥专业优势，不断加强专业队伍建设，持续提升疾病控制技术能力水平，切实当好人民健康的“守门人”，全面巩固了新冠肺炎等重点传染病防控成果。
市疾控中心先后被市委授予“共产党员示范单位”，被市人民政府授予新冠肺炎疫情防控工作突出贡献集体二等奖，市疾控中心消杀志愿服务队荣获新余市委授予“共产党员示范团队”荣誉称号；1人荣获江西省委、省政府授予的“江西省抗击新冠肺炎疫情先进个人”，2人荣获“新时代赣鄱先锋”荣誉称号，15人荣获市级及以上新冠防控通报嘉奖、先进个人、五四奖章、三八红旗手、优秀共产党员等荣誉称号。