商丘市中医院始建于1958年，是国家三级甲等中医医院，河南中医药大学非直属附属医院，河南中医药大学第一附属医院商丘医院，商丘市城乡一体化示范区医疗健康服务集团总医院，北京中医药大学东方医院协作医院，首都医科大学三博脑病医院医联体合作医院，商丘市城镇职工医疗保险、城乡居民医疗保险定点医院，商丘“120”联动医院，河南省中医助理全科医生规范化培训基地，河南省第三批中医药文化宣传教育基地建设单位，河南省中医养生保健知识推广基地。
医院拥有一院两区，其中，老院区位于梁园区，占地25亩，开放床位700张;新院区位于市城乡一体化示范区，占地128亩，规划床位1500张，计划于2023年11月底竣工。
现有职工1112人，其中，专业技术人员975人，高级职称154人，中级职称368人;全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师1人、全国优秀中医临床人才1人、国家级名中医1人、省级名中医2人、河南高级中医人才2人、河南省青苗计划（仲景工程）传承指导老师5人、博士2人、硕士生导师4人、硕士研究生119人;***专业委员会副主任委员2人、委员29人，省、市级专业委员会主任委员16人、副主任委员26人、委员176人;商丘市首届十佳优秀医生1人、商丘市名中医9人、青年名中医7人。
现有河南省区域中医专科诊疗中心建设单位1个（肛肠科）、培育单位1个（骨伤科），河南省重点中医专科3个（骨伤科、肛肠科、针灸科），商丘市知名中医专科6个（心病科、脑病科、脾胃病科、名中医工作室、张八卦外科、妇产科），商丘市诊疗中心6个，商丘市中医医疗机构医疗质量控制中心11个。
门诊科室齐全，病房功能完备，有56个临床医技科室，设有30个病区。门诊开设：急诊科、心血管病科、脑血管病科、脾胃肝胆科、肺病科、肾病科、老年病科、肿瘤血液科、糖尿病科、风湿免疫科、疼痛科、骨伤科、骨关节病科、椎间盘微创专科、脑外、脑血管介入、血管肿瘤介入科、胸外、泌尿外、手足外、疼痛科、妇产科、生殖医学科、儿科、针灸科、推拿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤性病科、张八卦外科、肛肠科、泌尿外科、男科、甲状腺外科、肺结节外科、周围血管外科、乳腺外科、儿童康复科、治未病亚健康调理中心及国医堂、名医堂、中医日间病房等临床科室。
临辅医技科室：核磁室、CT室、放射科、超声科、功能检查科、检验科、病理科、胃镜室、血液透析中心、PCR实验室以及制剂室、中药房、西药房等。
设病区：心病一科、心病二科、脾胃肝胆科、脑病一科、脑病综合病区（脑病二科、脑外科）、内分泌科、肺病科、骨一科、骨二科、骨三科、肛肠一科、肛肠二科、外一科、外二科、手足外科、疼痛科、综合介入科、五官科、妇产科、儿科、老年病（肿瘤）科、肿瘤血液科、肾病科、风湿免疫病科、张八卦外科、针灸一科、针灸二科以及重症监护（ICU）、新生儿科（NICU）等。
医院拥有先进的医疗设备：GE3.0T静音磁共振、GE第五代超高端动态500排大宝石能谱CT、GEVolusonE10四维容积妇产彩超、GEIGS530动态血管造影DSA、DR、平板胃肠机、彩色多普勒超声诊断仪、双球管X光机（G型臂）、口腔CT、高速全自动生化分析仪、全自动核酸分析仪等一大批在商丘地区乃至全省都处于领先地位的大中型诊疗设备，并拥有先进的杂交手术室、血液透析室、重症监护室设备。
近年来，医院先后承办了院士·国医大师商丘行暨商丘市中医院传承拜师仪式;连续举办4届全国伊尹中医药文化学术研讨会、全国首届伊尹文化论坛、中国中医药研究促进会伊尹文化传承发展分会成立大会;先后成立了石学敏院士工作站、丁樱国医大师工作站、全国名中医郑玉玲工作室、歧黄学者朱明军工作室、首都名医工作室及首都名医苏庆民传承工作室、邵氏针灸流派传承工作站。医院先后启动了河南省青苗计划、商丘市杏林青苗计划和商丘市青年中医药传承人才培养项目;开展了商丘市基层卫生技术人员中医药知识与技能培训、商丘市“西学中”培训;牵头成立了市级一级学术委员会4个、市级专科联盟2个。张八卦李氏外科、葛氏中医内科学术流派获批“河南省首批优质中医学术流派”。
医院相继获得全国妇联授予“巾帼文明岗”，“全国医院医保保险服务规范先进单位”，河南省级“五一劳动奖状”单位，“河南省中医工作先进集体”，“河南省医院行风建设先进单位”“河南省卫生先进单位”，市总工会授予“职业道德先进单位”，曾获“河南省中医药文化建设先进单位”、“河南省中医药科普工作先进单位”荣誉，并连续多年荣获“商丘市群众满意医院”、“商丘市卫生工作先进单位”“商丘市抗击新冠肺炎疫情先进集体”等称号。