2003年，根据国家卫生防疫体制改革要求，在原乐山市卫生防疫站基础上重新组建乐山市疾病预防控制中心，在卫生行政部门的领导下，具体实施政府对疾病预防控制、卫生监督执法技术支撑、健康教育、应用性研究的职能。
中心领导班子始终坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，认真贯彻“预防为主”的卫生工作方针，牢固树立“依法监测、科学防治、服务大众”的工作理念，着力于“科学化、规范化、制度化”建设。积极采用先进管理模式，狠抓内部规范建设，不断改革创新。
中心现有在职职工102人，专业技术人员71人。其中高级专业技术人员13人，中级专业技术人员27人，硕士研究生6名。中心实验室占地近2000平方米，现有理化实验室、微生物实验室以及临床检验实验室，拥有荧光定量PCR仪、全自动血球分析仪、全自动生化分析仪、蛋白印迹仪、流式细胞仪、全自动细菌鉴定仪、全自动加样系统、全自动分液系统、气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收光谱仪、离子色谱仪、紫外分光光度仪、ICP等先进的检测仪器设备。近几年，中心又先后投入数百万元建设了食品检验室、水质检验室、碘分析室、精密仪器室、百级洁净室、万级洁净室、卫生细菌检验室、肠道病原菌检验室、分子生物学实验室、流式细胞检测室、艾滋病筛查确证实验室、流感培养实验室（负压）以及结核药敏实验室（负压）。
中心通过实验室计量认证，取得了职业卫生技术服务机构资质证书、职业健康检查机构资质证书、职业病诊断机构资质证书，全省率先开展公共场所集中空调通风系统卫生学评价，艾滋病实验室是全省最早开展艾滋病确认的市级实验室。
中心按照《疾病预防控制机构建设若干规定》对市级疾控中心的要求开展了疾病控制、卫生应急、免疫规划、健康危害因素监测、健康体检、检验检测等各项业务工作。其中艾滋病防治工作成绩突出，在国内外有一定的知名度，每年均有来自国内外的组织或代表团来我中心考察观摩艾滋病防治工作。
中心2005年成为重庆医科大学实习基地，2008年成为四川大学华西公共卫生学院的实习基地，圆满完成带教任务，实习基地建设和带教质量获得学校和实习学生的好评。
通过大投入，大量引进新技术和新设备，中心目前已建成办公自动化、实验室信息管理、健康体检信息等信息管理系统，基本实现业务、办公信息化，进一步提高了中心的信息化水平，使我市疾病工作迈入信息化时代。
2004年以来年年被市卫生局评为“目标管理优秀单位”；
2005年被四川省评为“全省疾病预防控制系统先进集体”；
2006年被乐山市评为全市卫生系统“十五”期间先进集体；
2007年被卫生部评为“全国结核病防治先进集体”；
2008年被乐山市委评为“抗震救灾先进基层党组织”；
2009年被乐山市政府评为“乐山市模范单位”；
2010年被乐山市直机关工委评为“创先争优先进集体”；
2010年中心科研项目“乙肝疫苗保护性抗体快速检测方法的建立和评价研究”获得全市疾控系统首个乐山市科技进步一等奖；
2011年被乐山市直机关工委评为“共产党员示范单位”；
2012年被四川省重大传染病指挥部评为“艾滋病防治先进集体”，；以总票数第一的优异成绩荣获四川省2012“群众最满意的医疗卫生机构”称号，同时获得2012“我最喜爱的健康卫士”的光荣称号。
中心全体干部职工出色地完成了各项疾病预防控制工作任务，为保障乐山人民的健康做出了巨大努力。