昆山市中医医院于1985年1月独立建院，2019年获批成立江苏省中医临床研究院昆山分院，是一家集医疗、教学、科研、康复、预防、保健为一体的现代化三级甲等中医医院。2022年11月26日，医院顺利搬迁至新址西部医疗中心，新院区占地约200亩，建筑面积31.5万平方米，一期1200张床位，二期800张床位，共2000张床位，能满足日门急诊约9000人次的医疗服务需求。新院整体建筑借鉴江南园林设计理念，为患者提供“智能、高效、方便、快捷、温馨”的医疗服务。院内设有全国首台（套）小型质子治疗设备，在县域内率先开展肿瘤质子治疗，推动高端医疗服务与高端医疗装备联动发展。
目前，医院年门急诊总量190.1万人次，出院4.7万人次，手术量2.4万例。医院在岗职工1844人，其中高级职称461名，硕、博士研究生347名，硕、博士生导师22名。拥有全国首批五百名老中医药专家郑绍先学术经验继承人3名、江苏省名中医2名、江苏省中医药领军人才1名、国家中医药管理局中医药外向型优秀骨干人才1名、江苏省“333工程”第三层次培养对象4名、江苏省“六大高峰人才”1名、江苏省优秀中青年中医临床人才1名。
医院科室设置齐全，技术力量雄厚，已开展多项区域内首例新技术。设有一级临床科室36个，医技科室14个。拥有国家级临床重点专科（中医专业）1个，国家中医药管理局临床重点专科1个，江苏省中医药重点学科1个，江苏省中医重点专科7个，苏州市重点学科1个，苏州市中医重点专科6个。郑氏妇科疗法、闵氏伤科疗法为江苏省非物质文化遗产。医院启用制剂生产与研发中心，建筑面积1.2万平方米，拥有取得批准文号的医院制剂102种，其中中药制剂88个品种。
医院坚持中西医融合发展，积极对接融入长三角一体化项目建设。长期与江苏省中医院战略合作，设立国医大师周仲瑛、夏桂成以及全国名中医徐福松、单兆伟、刘沈林昆山传承工作室。对标苏州、南京、上海三甲医院引领性专科团队，引进上海长海医院李兆申院士消化疾病科团队、上海交通大学医学院附属瑞金医院陈楠院士肾病内科专家团队、复旦大学附属中山医院白春学教授呼吸疾病专家团队3个苏州市“临床医学专家团队”引进A类项目，引进复旦大学附属华山医院陈世益运动医学专家团队、江苏省中医院单兆伟脾胃病专家团队等8个昆山市“柔性引进专家团队”。
医院贯彻科教强院理念，着力营造浓厚科创氛围。2021年，全面启用中心实验室，成功备案国家药物临床试验机构，中医消化、中医骨伤科、中医呼吸、中医肿瘤4个专业获批GCP资质。截至目前，医院拥有国家自然科学基金青年项目5项、江苏省自然科学基金3项，江苏省重点研发计划1项。2022年医院成功备案国家器械临床试验机构。
医院紧扣高质量发展主题，发挥区域三甲中医医院龙头优势，牵头成立金杏集团（医共体），与2家医院、15家社区卫生服务中心构建全覆盖的三级服务网络。深入推进市域中医药服务体系建设，整合全市中医药资源，依托苏州市治未病联盟主席单位，通过专科专病共建，中医科托管模式助推基层中医专科服务供给水平和质量双提升。
38年来，医院始终坚持“精诚仁和”的院训，秉承“团结进取、勤奋务实、争创一流”的医院精神，履行“中医献温馨，健康进万家”的服务宗旨，先后荣获全国示范中医院、国家中医药管理局中医药国际合作基地、全国青年文明号、全国卫生系统创先争优活动先进集体、全国医院文化建设先进单位等荣誉称号，六次蝉联全国文明单位。传承精华，守正创新，医院将继续坚持以人民健康为中心，精准对接人民群众日益增长的多样化健康需求，为建设中医药特色浓厚、中西医融合创新、新兴前沿技术蓬勃发展的现代化研究型中医医院而不懈努力。