江苏省血吸虫病防治研究所成立于1950年7月，1959年12月中国医学科学院江苏分院寄生虫病研究所并入本所，启用“江苏省寄生虫病防治研究所”称谓，实行“一套班子两块牌子”管理，为省属公益一类事业单位，主要承担全省血吸虫病、寄生虫病防治及突发事件应急处理、医学基础和应用技术研究、科技情报信息服务、技术培训与科学普及等职能。作为全省血吸虫病和寄生虫病的防治、科研和培训的技术指导中心，长期以来，在指导开展全省血吸虫、寄生虫病防治工作的同时，研究所致力于防治策略及适宜技术的研究和推广。
2021年起，所内设置血吸虫病室、疟疾室、丝蠕虫病室、信息（健教）中心、全球卫生中心（援外项目办公室）、编辑部、门诊部、中心实验室、办公室、组织人事科、财务科、纪检办公室、科教科、行政（安保）科和培训服务中心共15个科室和2个科研创新团队。在职职工117人，其中专业技术人员105人，高级职称45人，博士14人，硕士57人。离休干部2人，退休职工102人。
研究所为全国首批硕士学位授予点，同时也是国家博士后科研工作站、江苏省科普教育基地。建有“国家卫生健康委寄生虫病预防与控制技术重点实验室”、“江苏省寄生虫与媒介控制技术重点实验室”、“江苏省医学重点学科（医学寄生虫学）”和“江苏省寄生虫病科普馆”。与江南大学无锡医学院联合共建“江南大学公共卫生研究中心”，与南京医科大学公共卫生学院合作共建热带病研究中心，联合培养医学硕士留学生。2016年10月，研究所认定为“世界卫生组织消除疟疾研究与培训合作中心”，成为全球疟疾消除专业人才培养、学术研讨和经验交流的平台。累计为国家培养硕士研究生90名，已有5名博士后进站开展研究工作并顺利出站。近五年来承担国家、部省级51项课题，获科研成果22项，获得国家专利54项。共发表论文228篇，其中SCI论文82篇，影响因子最高达72.406。
主办的《中国血吸虫病防治杂志》创刊于1989年，系我国唯一一本有关血吸虫病和血吸虫学研究的专业科技期刊，为中华预防医学会系列杂志。目前被Medline/Pubmed、化学文摘（CA）、Scopus、Embase、JSTChina、Ebsco等国际重要数据库检索，同时被包括中国科学引文数据库核心库（C）、《中文核心期刊要目总览》、中国科技核心期刊等国内重要数据库收录。曾获国家期刊奖提名奖、中国精品科技期刊等荣誉。
研究所建所伊始就开展国际交流与合作，1953年前苏联寄生虫病专家彼德里西娃来所学术访问，揭开了对外交流的序幕。曾于1988年和1992年两次获世界卫生组织/热带病特别规划署（WHO/TDR）机构加强资助，对研究所的发展和人才培养发挥了重要作用。先后与15个国家和地区的60余所国际知名高校和研究机构开展科研合作与交流。2002年起被商务部认定为援外培训定点单位，开展热带病防治援外技术培训。先后承担血吸虫病、疟疾以及其他传染病为主题的各类援外培训班64期，培训来自亚洲、非洲、南美洲等70多个发展中国家的1955名卫生官员和专业技术人员。2017年起，为积极落实国家中非公共卫生合作计划，受商务部委托代表国家实施援助桑给巴尔血吸虫病防治技术合作项目，推广我国血防工作经验，为我国公共卫生援外探索相关工作模式。2020年首轮项目结束并取得圆满成功。
研究所先后获“江苏省文明单位”、“江苏省园林式单位”、“全国地方病防治文明单位”、“全国血防先进集体”、“全国疟防先进集体”、“全国丝虫病防治先进集体”、“江苏省卫生系统先进集体”、“江苏省爱国卫生先进集体”、“江苏省优秀科普教育基地”、“江苏省科技创新发展先进单位”等多项荣誉称号。