福州市疾病预防控制中心的前身，福州市卫生防疫站成立于1952年7月，是全国第一批甲级防疫站，2003年12月更名为福州市疾病预防控制中心，公益一类事业单位，主要承担:疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情报告及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测评价与干预、实验室检测分析与评价、健康教育与健康促进、技术管理与应用研究指导。
中心编制180人，现有职工162人，其中博士4人、硕士23人，高级以上职称40人、中级职称54人。现有各类仪器设备1001台件，总价值5708.9万元，拥有基因测序仪、ICP-MAS超高效液相色谱仪、液相色谱-质谱仪、气相色谱-质谱仪等一大批先进仪器设备，是国家级流感网络监测实验室、国家级脉冲场电泳网络实验室，艾滋病确证实验室，获省级检验检测机构资质认定资质、省卫健委职业病诊断资质、放射诊疗建设项目、放射性职业病危害评价乙级资质和放射卫生防护检测个人剂量监测资质等。中心承担“国家863计划”项目、“十三五”重大科研项目及省、市科研项目30多项，发表SCI学术论文十余篇。
　　　　
　　中心成立以来，全面贯彻“预防为主”工作方针，加强全市传染病和慢性病防控，有效应对各类突发公共卫生事件，有力保障各类重大活动，有序开展健康相关因素监测，全力为市民提供全方位全周期的健康保障和服务，为“健康福州”建设做出积极贡献。先后荣获全国卫生计生系统先进集体、全国疾病预防控制系统“百强支部”、全国结核病防治工作先进集体、全国丝虫病防治先进集体、全国抗击非典先进单位、全省卫生系统先进集体、福建省劳模工作室、福建省五一劳动奖状等荣誉。