庆阳市中医医院坐落于岐伯故里庆阳，前身是1973年成立的中国人民解放军兰州军区生产建设兵团林业建设师医院，1975年医院移交地方，定名庆阳地区第三人民医院，1979年正式改建为庆阳地区中医医院，2012年被国家中医药管理局评定命名为三级甲等中医医院。医院始终秉承“厚德精医，博学济世”的院训，践行“至精至诚，仁爱谦和”的服务宗旨，锐意进取，创新发展，曾先后荣获全国示范中医医院、甘肃省医院管理先进集体、甘肃省中医药工作先进集体等称号。
医院2012年迁入现址，现占地面积50余亩，总建筑面积4.5万平方米，设有临床、医技和行政职能科室60个，门诊诊室81个，开放床位1000张。现有职工900余人，其中专业技术人员占比95.8％。高级职称105人，博士1人，硕士研究生68人。有国务院津贴获得者2人，甘肃省名中医7人，甘肃省领军人才1人，庆阳市名中医7人，庆阳市领军人才3人。
医院中医特色突出，血液病科为国家临床重点专科、国家中医药重点专科、西北片区唯一一所血液病区域诊疗中心，肛肠科为国家中医药重点专科。骨伤科、脾胃病科、心病科、脑病科、针灸推拿科、肺病科、风湿骨病科、康复科（中医护理）、儿科为省级中医药重点专科；肝胆病科、肾病科、内分泌科、老年病科、麻醉手术科、眼科、肿瘤科、重症医学科、急诊科、神志病科、耳鼻喉科、外二科为市级重点专科。外一科（普外科）、口腔科、妇产科、介入医学科等科室发展迅速，各有特色。
医院配备GE1.5T磁共振、64排CT、16排移动方舱CT、移动方舱实验室、数字减影血管造影系统（DSA）、高端进口DR、数字胃肠机、三维彩超及奥林巴斯290电子胃镜、支气管镜、贝克曼系列检验设备等大型设备30余台件，中型医疗设备50余台件。能够开展内、外、妇、儿、血液、肛肠、骨伤、针灸理疗、肿瘤、五官、皮肤、重症监护、血液透析、介入、急危重症抢救、治未病等中医药特色明显的中西医诊疗业务。
医院现为国家中医住院医师（5+3）规范化培训基地及甘肃省中医助理全科医师（3+2）规范化培训基地，甘肃中医药大学研究生教育基地，陇东学院医学院、甘肃医学院、甘肃省卫生职业学院等多家医学院校的教学及实习医院。全国名老中医谢君国主任医师传承工作室、庆阳市岐黄文化研究会在这里挂牌。医院有中药制剂实验室、血液病研究实验室两个中医药科研二级实验室，研究开发院内制剂24种，其中10种已纳入甘肃省首批调剂使用院内中药制剂目录，7种纳入甘肃省医保基金支付范围，按“乙类”支付。