北京市密云区疾病预防控制中心在原密云县卫生防疫站的基础上，于2002年8月正式组建成立，属区级卫生事业单位，位于密云区新西路50号，占地面积8032.84平方米，建筑面积7887平方米。现有3个职能科室和10个业务科室，包括办公室、财务科、质量管理科、卫生防病应急办公室、传染病地方病控制科、免疫规划科、健康教育慢性病防治科、统计信息及学校卫生科、性病艾滋病控制科、卫生监测评价科、微生物检验科、理化检验科、职业卫生射线防护科。