重庆市中医院始建于1902年，是中国近代第一家国立中医院，曾开创国立中医急症的先河。1955年，首任院长吴棹仙老先生向毛主席敬献“子午流注环周图”，成为中国中医药历史上的标志性事件，在全国中医界影响深远。
我院是重庆市规模最大、实力最强，集医疗、教学、科研、公益四项中心职能于一体的大型三级甲等中医医院，是国家中医疫病防治队伍及疫病防治基地依托中医医院、首批国家中医药传承创新工程重点中医医院建设单位、国家中医药传承创新中心建设单位、国家中医康复中心建设单位，也是全国首批中医住院医师、全科医生规范化培训基地，国家级住院医师规范化培训重点专业基地（中医全科）。2023年，医院正式成为重庆中医药学院附属第一医院。
医院现有江北区南桥寺院部和渝中区道门口院部，占地173亩，建筑面积20万方，床位2500张，设有临床科室44个，医技科室10个，年门（急）诊患者340万人次，年出院患者8.4万人次。拥有国家临床重点专科5个，国家区域中医诊疗中心2个，国家中医药管理局高水平重点学科和重点专科共11个，国家中医优势专科10个，市级重点学（专）和名科群51个，重庆市中医特色诊疗中心建设项目组长单位和副组长单位9个，重庆市中西医结合医疗中心3个，重庆市医疗质量控制中心17个，市级临床诊疗中心1个，是国家（重庆）中医康复示范中心、重庆市中医护理临床技术指导中心和重庆市中医治未病中心。
医院获批国家中医药管理局重点研究室、国家级诊断鉴定机构、重庆市重点实验室、市卫健委重点实验室、重庆市中医特色诊疗工程技术中心、重庆市皮肤病临床医学研究中心、重庆市中医临床研究基地、重庆市中医药循证医学中心、重庆市中医药转化医学中心等国家级、市级科研平台16个。建成中国-新加坡中医药国际合作基地（重庆）、中国-巴巴多斯中医药中心、重庆市院士专家工作站、国家级和重庆市博士后科研工作站（独立招收）、中医药传承博士后工作站。累计牵头承担各级各类科研项目2000余项，科研经费超2.5亿元。医院研制了参麦注射液、丹桃合剂、降糖丸、更年宁心胶囊等多个国家新药，获批医院制剂192种。同时，医院是中国中医药文献检索中心重庆分中心、全国针灸临床中心重庆分中心，办有《中国中医急症》杂志。重庆市中医药学会、重庆市中西医结合学会、重庆市针灸学会和重庆市中医药行业协会均挂靠医院。
医院在岗职工近3500人，拥有国医大师2人，全国名中医3人，国家青年岐黄学者1人，全国名老中医药专家传承工作室专家12人，国务院政府特殊津贴专家9人，重庆市学术技术带头人、重庆市首席医学专家等市级人才63人，重庆市名中医、巴渝岐黄学者等市级中医药类人才140余人。高级职称专家628人，硕博士导师104人，博士及在读博士297人。累计招收培养博士后157人，现有在站博士后99人。
医院先后荣获全国五一劳动奖状、全国创先争优先进基层党组织、全国文明单位、全国精神文明建设先进单位、全国卫生系统先进集体、全国中西医结合先进单位、全国平安医院工作表现突出集体、原卫生部抗震救灾先进集体、中华全国总工会工人先锋号、全国青年文明号、全国人文爱心医院、全国中医药应急工作先进集体、全国中医医院优质护理服务先进单位等荣誉100多项。2010年12月6日，时任中共中央政治局常委、中央书记处书记、国家副主席习近平视察了医院，勉励医院继续努力，把工作做得更好。