医院始创于1948年，前身为中国红十字会青浦分会医院，1994年通过卫生部二级甲等医院评审，2012年通过上海市三级综合医院评审，2021年创建成为复旦大学附属医院，是青浦区集医疗、教学、科研、预防于一体的三级乙等综合性医院。
院区环境优美，绿树成荫，是一座花园式的医院。现有占地面积9.4万平方米，建筑面积11.6万平方米，核定床位1000张，实际开放床位1020张。2022年医院门急诊总量230.5万人次；出院病人4.25万人次；手术3.51万人次。医院现有在编人员1684人，其中卫技人员1484人（含：医师数533人）；（卫技）博士35名，硕士298名。卫技高级职称205人（其中正高60人、副高145人）；医生中级职称227人。医院现有磁共振成像系统、血管造影X射线系统（双板DSA）、X射线计算机断层扫描设备（其中一台320排高端机型、一台80排搭配天眼系统）、多影像融合介入导航纳米激光治疗系统、免疫流水线等先进医疗设备。
2002年，青浦区卫生局与复旦大学附属中山医院共建复旦大学附属中山医院青浦分院。在中山医院支持下，医院临床服务能力不断加强，学科设置齐全，共设有31个临床科室，11个医技科室。2012年医院获得国家药物临床试验机构资质。有云加端物联网中心实验室1个，市医学重点专科建设7个（急诊科、呼吸内科、血管外科、肾内科、临床药学、产科、骨科），复旦大学血管外科研究所——静脉外科中心1个。医院以“妇幼儿童中心，肾病透析中心，创伤急救中心，内镜微创中心，胸痛中心，脑卒中中心”六大中心为学科发展重点，同时，加入复旦大学儿科医联体、妇产科医联体，为青浦及周边地区的百姓提供市区医院同质化的医疗服务。
五年来（2018-2022年），医院科研水平有了显著提升，立项课题321项，其中国家级项目4项，省市级课题24项，市委级课题39项，区科委项目105项，区卫健委科研项目92项，高校等其他课题57项；发表专业论文1331篇，其中SCI论文165篇，核心期刊343篇；授权实用新型专利49项、发明专利2项。教学上，医院拥有国家住院医师规范化培训基地（全科）1个，上海市住院医师规范化培训教学基地2个（急诊、妇产科）以及助理全科医师规范化培养基地、上海市社区临床药师在职规范化培训基地以及上海市护理学会急诊急救护士实训基地和腹膜透析专业护士实训基地，2013年成为复旦大学研究生实践基地。目前医院拥有博士研究生导师3名，硕士研究生导师9名，历年共招录研究生培养35名，其中博士研究生4名，授予硕士学位21名。
医院始终秉承“你我携手，健康共守”服务理念，坚持公立医院公益性的办院方向，以强烈的社会责任感积极投身公立医院改革。不断提高医院管理水平，在分级诊疗、对口支援、援藏援疆等方面发挥了公立医院的作用。同时，医院还承担区域内重大活动的医疗保障工作，承担重大突发事件的医疗救援任务。
医院连续多年荣获多项荣誉。1995年世界卫生组织（WHO）认定为爱婴医院，2003年指定为青浦区台胞台商定点医院。医院工会被中华全国总工会授予“全国模范职工之家”称号、2016-2017年上海市志愿者服务先进集体、呼吸内科荣获上海市模范集体等。2019-2020年度被评为第二十届上海市文明单位。
拥有七十余年历史的复旦大学附属中山医院青浦分院，经过几代人不懈的努力，积淀了历久弥新的医院文化，全院员工充满了不断奋进的朝气与活力。医院以建设复旦大学附属医院为契机，加速人才队伍建设，加快推进专科建设，做实做强区域医疗中心，立足青浦、辐射长三角地区，努力把医院建成一所现代化的综合性医院，不断为增进人民健康作出新贡献，为健康青浦建设谱写新篇章。