2021年6月11日，国家发展改革委等部门联合下发《关于第二批区域医疗中心试点项目有关事项的通知》，“中日友好医院云南医院”获批作为国家第二批区域医疗中心试点项目，输出医院为中日友好医院，当地依托医院为云南省第一人民医院。
项目位于云南自由贸易试验区昆明片区（官渡区凉亭片区），东三环以西，金马路以北;占地约50亩;建筑面积约11万平方米;投资约12亿元;设置病床900床（含感染及负压病房100床）;主要建设呼吸疾病诊疗区、呼吸疾病住院部、呼吸疾病专科实验室及附属用房。
通过1-2年的努力，实现与中日友好医院呼吸疾病防治体系同质化，发挥国家优质医疗资源的辐射作用，整体提升西部地区呼吸疾病诊疗水平以及基础研究与临床转化水平，诊疗水平与京、沪等发达地区差距缩小，降低云南省呼吸疾病跨省就医数量。投入运营5年内，呼吸相关专科达到国家临床重点专科标准，力争达到《国家呼吸区域医疗中心设置标准》，建成西南领先，辐射南亚东南亚的国家呼吸区域医疗中心。