南京市疾病预防控制中心成立于2001年6月，是由原市卫生防疫站、市健康教育所、市结核病防治所等6家单位合并组建而成的公益性事业单位。现有编制361名，主要承担全市传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防与控制；突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置；疫情及健康相关因素信息管理；健康危害因素监测与干预；疾病病原微生物检测、鉴定和物理、化学因子检测、评价；健康教育与健康促进；疾病预防控制技术管理与应用研究等。同时还是全市基本公共卫生服务技术指导中心和食品安全风险监测市级中心，挂牌南京医科大学附属疾病预防控制中心。
中心现有在编职工306人，包含紫竹林2号和3号两个院区，占地面积1.8万平方米，建筑面积1.48万平方米，其中实验室用房4100余平方米。配备万元以上仪器设备490余台，总价值8500余万元，拥有省实验室资质认定、实验室国家认可、省职业卫生、放射卫生技术服务、艾滋病初筛、确证实验室、寄生虫病诊断参比实验室、国家尿碘、盐碘和流感监测网络实验室、国家致病菌识别网网络实验室、食品饮用水放射性污染应急监测实验室、国家细菌性传染病分子分型监测网络实验室、全国食源性疾病分子溯源网络实验室等多项资质。中心现有4个省级重点实验室（食品安全风险监测重点实验室-病毒领域、非法添加领域，重金属领域实验室，放射卫生重点实验室）和2个市级医学重点专科（传染病预防控制、慢性病预防控制重点专科）。
近年来，中心及时科学处置“黑芝麻糊”乌头碱中毒事件和小龙虾相关横纹肌溶解综合征事件，有效开展H5N1高致病性禽流感、H1N1流感、H7N9禽流感、埃博拉出血热、手足口病等疫情防控工作，出色完成亚青会、青奥会等大型活动公共卫生技术保障，并全面完成急性传染病、艾滋病、结核病、血吸虫病、慢性非传染病、免疫规划、以及食品卫生、环境卫生、职业（放射）卫生、消毒与媒介生物控制等各项疾病预防控制目标任务，构建食品安全、环境卫生、职业（放射）卫生、消毒与媒介生物控制等健康危害因素监测网络，疾病预防控制工作取得显著成绩。
特别是2020年1月以来，市疾控中心在市委市政府和市卫生健康委的坚强领导下，经受住新冠肺炎疫情的严峻考验，出色完成流行病学调查、核酸检测、公共场所消毒、密切接触者管理、冷链食品和非冷链物品相关人员和环境监测等疫情处置，以及省市两会、南京马拉松、国家公祭日等重大活动卫生防疫保障任务，获得省委省政府“全省抗击新冠肺炎疫情先进集体”等荣誉表彰。