上饶市第二人民医院是一所集医疗、教学、科研为一体的以传染病专科为特色的综合性医院。
医院现有传染病区住院部（急传科、结核病、艾滋病、肝病科）、综合病区住院部（内儿科、外妇科）、综合门诊部三个服务窗口和25个科室，开放病床300张。医院占地面积111亩，建筑面积26500平方米，在职在岗医职员工270人，专业技术人员247人，其中高级职称58人，中级职称80人。
医院主要医疗设备：多排螺旋CT、数字X光机、彩超、弹性B超、电子胃镜、腹腔镜、支气管镜、呼吸机、血气分析仪、全自动生化分析仪、基因芯片检测仪、化学发光仪、肺功能仪、肝病治疗仪、人工肝支持系统、针式微波消融系统等。
肝病科是全市重点学科，是全市各种肝病检测、诊断、治疗的权威机构，引进的无创肝纤维超声仪，开展的非生物型人工肝及相关血液净化技术治疗暴发性肝衰竭、慢性重型肝炎、胆汁淤积性肝病、急性中毒的解毒等疗效显著，该项技术填补了我市该领域的空白。
结核病的诊断和治疗水平在全市领先，尤其是耐多药肺结核、非结核分支杆菌病，开展了气管镜下给药、肺泡灌洗液做病原学检查，提高了肺结核诊断率和治愈率。
我院是全市艾滋病救治定点医院，建立了艾滋病筛查、诊断、抗病毒治疗、机会性感染及机会性肿瘤治疗和随访、人文关怀等一站式服务，为艾滋病患者全程管理机构。同时，我院也是上饶市唯一一家具有HIV病毒载量检查、肺结核病基因芯片检查技术及结核分枝杆菌耐药检测的医疗机构。