赣州市疾病预防控制中心于2004年经赣州市编办批准成立，是赣州市卫健委下属副处级全额拨款公共卫生事业单位，核编150人，内设办公室、物资保障科、传染病预防控制科、免疫规划管理科、地方病与慢性病科、卫生监测科、结核病预防控制科、艾滋病性病预防控制科、职业卫生科、检验科、应急管理科、食品卫生科、学校卫生科等13个科室。主要承担全市疾病预防与控制、突发公共卫生事件应急处置、疫情及健康相关因素信息管理、健康危害因素监测与干预、实验室检测检验与评价、健康教育与促进、技术管理与应用研究指导等7大职能。
中心人员现有在编在岗职工124人，其中专业技术人员109人。中心学历构成较高（研究生14人，本科93人，大专11人，中专3人，高中及以下3人），本科以上学历占职工总数的86.29％；职称结构合理（正高4人，副高21人，中级31人，初级41人，无职称27人）；专业结构较好（预防医学专业47人，公共事业管理2人，临床医学17人，卫生检验30人，护理3人，其他专业22人，无专业3人）。中心是赣南医学院MPH实习生和本科实习生的带教基地、赣南卫生职业学院实习生带教基地。
近年来，中心成绩显著。2020年获得2014-2019年中国死因登记报告工作先进集体奖、2019-2020年度脑卒中高危人群筛查和干预项目先进单位等国家级荣誉2个，获得市委市政府处置重大公共突发卫生事件集体一等奖及时奖励、2019年度全市卫生健康宣传工作先进单位、2019年度党建工作红旗单位等市级荣誉9个，传防科获江西省抗击新冠肺炎疫情先进集体荣誉。中心个人获得国家、省、市级荣誉共计39人次。2021年荣获全国第六届“万步有约”健走激励大赛全国优秀健走组织单位奖、全国优秀团队奖、公共卫生系统行业赛一等奖等3项国家级荣誉；全国第六届“万步有约”健走激励大赛全国优秀健走组织单位奖、全国优秀团队奖、公共卫生系统行业赛一等奖等12项省级荣誉；卫生健康系统党建工作红旗单位、全市健康教育与健康促进工作先进单位、全市公共机构节能工作考核优秀、社会治安综合治理目标管理（平安赣州建设）先进单位、全市疾控系统迎接建党100周年血吸虫病防治知识竞赛团体一等奖、全市寄生虫病防治技术竞赛团体二等奖等6项市级荣誉。2022年获得中国居民心脑血管事件监测项目先进单位等5项国家级荣誉；全省寄生虫病监测工作先进单位、全省食品风险监测先进单位、全省重点职业病监测工作先进单位等7项省级荣誉；创建国家卫生城市工作先进集体、平安赣州建设先进单位、党建工作红旗单位等7项市级荣誉。