海口市卫生防疫站创建于1952年，是由政府举办的实施疾病预防与公共卫生技术管理和服务的副处级公益一类事业单位，隶属海口市卫生局。2005年更名为“海口市疾病预防控制中心”。2008年机构改革，卫生监督执法职能及部分人员划入卫生监督局。2016年实施“大疾控”机构调整，原市职业病防治所和市结核病防治所并入市疾控中心，人员编制158名；市健康教育所从市疾控中心剥离单独设置，为隶属海口市疾病预防控制中心的正科级公益一类事业单位，编制12名；原海口市皮肤性病防治中心及琼山皮肤性病防治所合并为海口市皮肤性病和精神病防治所，隶属关系由市卫生局调整为市疾病预防控制中心，编制为55名。
中心工作场所分为新址和旧址两部分，新址位于琼山区椰海大道20号，旧址位于龙华区东湖路1号。中心新址项目为海口市政府“十一?五”重点项目之一，总投资1.45亿，占地面积30亩，总建筑面积27803.5㎡，由办公楼、实验楼、待命楼和职工食堂四部分组成。