雅安市疾病预防控制中心是2004年1月20日经雅安市人民政府批准成立，前身为西康省卫生防疫站，历经了7次变革，是主要从事疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的市级公益一类事业单位。其主要职责为：承担全市传染病、寄生虫病、地方病、非传染性疾病等预防与控制；负责突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置工作；负责疫情及健康相关因素信息管理工作；负责食源性、环境性、职业性、放射性等健康危害因素监测与干预工作；负责疾病病原生物检测与鉴定和物理、化学因子检测工作；承担健康教育与健康促进工作；负责疾病预防控制技术管理与应用研究指导等工作。同时挂有“雅安市促进基本公共卫生服务均等化指导中心”“雅安市家庭医生签约服务指导监督中心”和“雅安市肿瘤随访登记中心”的牌子。2017年12月通过四川省疾病预防控制机构评审委员会三级乙等疾控机构的现场评审。2018年11月率先在全省疾控系统中通过ISO全面质量管理体系评审。设有西南医科大学、雅安职业技术学院教学实习基地。
中心核定编制130人，其中管理岗位17个，专业技术岗位111个，工勤技能岗位2个。现有在职职工118人（在编112人，劳务派遣6人），其中高级职称23人，本科以上学历100人，研究生8人。
中心设综合科、财务科、后勤科、业务科、急传科、性艾科、慢病科、结麻科、健教科、免规科、地防科、卫生科、职辐科、微检科、理化科、预防医学门诊共16个科室。
“4.20”芦山强烈地震灾后中心异地重建，2016年整体搬迁至雨城区大兴新区新址办公。中心异地重建后占地面积24亩，建筑面积9960.41平方米，业务用房建筑面积7413平方米。建有独立实验室大楼，有艾滋病确认实验室、国家碘缺乏病实验室、流感PCR实验室、结核病实验室、寄生虫病实验室、麻疹风疹实验室、食品检测实验室、水质检测实验室等，配置了ICP-MAS、GC-MAS、气相色谱仪、液相色谱仪、原子吸收仪、病毒载量仪、流式细胞仪、实时荧光PCR仪、多重食源性致病菌鉴定系统、微生物鉴定及药敏系统、环境级辐射监测仪、巴达库拉射线检测仪、放射个人剂量监测仪、采样机器人、DR、彩色超声心动机等仪器设备。取得检验检测机构资质认定证书、放射卫生技术服务机构资质证书、四川省职业健康检查机构批准证书、职业病诊断机构批准证书4项资质。
近年来，中心累计获得各类奖项78个，其中国家级3个，部级3个，省级29个，地市级43个。荣获部级先进工作者1人、省级先进个人7人。