中国医学科学院成立于1956年，北京协和医学院成立于1917年，中国医学科学院北京协和医学院自1957年起实行院校合一的管理体制，是我国最高医学研究机构和最高医学教育机构。院校始终牢记初心使命，以引领我国医学科技教育发展和维护人民健康为己任，教育人才辈出，科研硕果累累，医疗领衔行业，为我国现代科学医学体系的建立和发展做出了重要贡献。
建立之初，北京协和医学院开创了我国八年制医学教育、高等护理教育、住院医师培训制度和现代公共卫生教育，取得了“北京猿人研究”“单体麻黄素提取”“黑热病研究”等一系列重要成果；中国医学科学院在脊髓灰质炎疫苗研发、全国控制和基本消灭麻风病、根治绒毛膜上皮癌化学疗法的创建与推广、我国抗生素自主研发和工业化生产等方面做出了创造性贡献。院校培养了包括张孝骞、张锡钧、钟惠澜、林巧稚等在内的55位医药卫生领域两院院士，为中国疾病预防控制中心、军事科学院军事医学研究院、首都医科大学、北京医院、北京安贞医院等国内众多重要医学和卫生机构的建立提供了人才与技术支持。
目前，院校已发展成为拥有19个研究所、6家附属医院、9个学院、106个院外研发机构，集医教研产为一体的国家级综合性医学科学研究机构。院校现有两院院士26人、国家杰青45人、万人计划领军人才27人，博士生导师1032名、硕士生导师1231名；拥有国家“双一流”建设学科5个，一级学科博士学位授权点9个，在教育部第四轮学科评估中有6个A类学科；拥有国家级重点实验室6个、国家临床医学研究中心5个、其他国家级科研基地15个、省部级实验室59个等。院校直属北京协和医院、阜外医院、肿瘤医院、整形外科医院、血液病医院和皮肤病医院等6所医院，集医院、研究所和教学机构于一体，形成了国内外闻名的医疗、教学和科研紧密结合的医疗服务体系。
随着中国特色社会主义进入新时代，院校发展进入新百年、新甲子，院校上下深入贯彻落实习近平总书记“努力把中国医学科学院建设成为我国医学科技创新体系的核心基地”重要指示精神，坚持科技创新“四个面向”总要求，积极与社会主义现代化强国建设目标对标对表，秉承“承启文化、健全体系、创立机制、拓展资源”的工作方略，在国内率先实施“4＋4”临床医学教育模式、开创卓越护理人才贯通培养改革试验班、率先实施医学类准聘长聘教职聘任改革，组建中国医学科学院学术咨询委员会及6大学部，持续实施中国医学科学院医学与健康科技创新工程，加快建设以院校所院、院外研发机构和国家卫生健康委重点实验室为主体的开放型国家医学科技创新体系，不断深化积极拓展各项国际交流合作，将院校打造成为国家医学研究和教育事业的先进思想源和强劲动力源，为我国人民健康、医学科学事业和医学教育事业发展作出新的更大贡献！