上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为原上海第二医学院附属医院，2005年上海第二医科大学与上海交通大学合并，更名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院（前身宝钢医院，三级综合性医院）资源整合，统一布局，统一管理。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。（以下简称“九院”）
九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院有南部院区（制造局路639号）、北部院区（漠河路280号）、浦东院区（高科西路1908号）、浦东科教园区（锦尊路115号）和祝桥院区（在建）。医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健医疗定点医院。
九院总占地面积109亩，总建筑面积28万平方米。总核定床位数2150张，口腔综合椅位1000张。临床科室64个，其中医技科室11个。全院职工4979人。九院拥有5位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴尅戎教授、口腔颌面头颈肿瘤专家张志愿教授、眼眶病眼肿瘤专家范先群教授，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。
九院在2021年度复旦大学医院管理研究所中国最佳医院声誉排行榜中，综合排名全国第23位。整形外科全国第一，口腔医学排名全国第三，耳鼻喉科排名全国第六，眼科排名第七。
在2021年度中国医院科技量值排行榜中，综合排名全国第15位。整形外科排名全国第一，口腔医学排名全国第三，耳鼻咽喉科学排名全国第五，眼科学和骨科学排名全国第八。
在2021年度上海市三甲医院科研竞争力排行榜中，综合排名全市第四。整形外科学、口腔医学排名第一，耳鼻咽喉科学、康复医学排名第二，眼科学、骨外科学排名第三，医学影像学排名第四，内分泌病学、麻醉学和全科医学排名第五。
九院学科建设水平不断发展。是国家口腔医学中心和国家口腔疾病临床医学研究中心依托建设单位，医院有口腔临床医学、整复外科、骨科等3个国家重点学科，口腔基础医学为国家重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周病科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜病科等9个国家临床重点专科；上海市临床重点专科8个；上海市教委IV类“高峰学科”1项；上海市教委“高峰高原学科”建设项目1项。拥有口腔医学、整复外科与组织工程学等3个教育部211工程重点学科；口腔疾病、修复重建外科、创伤骨科与骨关节外科等3个上海市临床医学中心；上海市口腔疾病临床医学研究中心、上海市整形与修复重建临床医学研究中心等2个上海市临床医学研究中心；上海市口腔疾病研究中心、上海市眼部疾病研究中心等2个上海市重中之重研究中心。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科；血管外科为全国第一批外周血管介入诊疗培训基地；组织工程学、口腔颌面外科学为上海市重点学科（优势学科）、口腔修复和生物材料学为上海市重点学科（特色学科），口腔基础医学、眼科学为上海市重点学科；修复重建外科为上海市“重中之重”临床医学中心；眼科、耳鼻喉科学为上海市“重中之重”临床重点学科；内分泌科、麻醉科、泌尿外科为上海交通大学医学院重点学科；医院挂牌中国房颤中心，是上海交通大学血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位，神经内科是上海市脑卒中预防与救治中心之一。
在国际合作方面，英国爱丁堡皇家外科学院头颈与肿瘤培训中心单位、国际口腔颌面外科医师协会（IAOMS）口腔肿瘤外科与修复重建培训中心单位和口腔颌面外科国际内固定学会（AOCMF）颅颌面分会培训中心单位，建立了国内首个国际认证的麻醉护理教育基地，并挂牌美国心脏协会心血管急救培训中心。
“十四五”发展规划以来，九院学科临床综合实力逐年提升。整复外科现为国际上规模最大的整形外科医学中心和国内最大的整形外科医教研中心；口腔颌面外科达到国际领先水平；牙体牙髓病科、牙周病科、口腔黏膜病科、口腔修复科、口腔正畸科、儿童口腔科、口腔预防科、口腔种植科、口腔综合科等各类牙科诊疗达到国内领先水平，部分国际先进水平；骨关节外科和脊柱外科处于国内优势地位；眼整形眼眶外科、眼肿瘤治疗达到全国领先水平，耳神经颅底外科在亚专业领域的国内排名近年始终位居全国前三；辅助生殖中心是全国辅助生殖中心中诊疗不孕症妇女平均年龄最高的辅助生殖中心；心血管介入治疗、钬激光前列腺剜除治疗、周围血管疾病治疗、疝与腹壁外科疾病诊治、病理性肥胖手术治疗、脑卒中介入治疗等方面，处于本市领先水平。
2022年医院门急诊人次数为366万余人次，住院人次数9万余人次，住院手术人次数8万余人次，门诊手术操作人次数11万余人次，平均住院日5.7天。
截至2022年底，医院共有博士生导师146名，硕士生导师199名，设有4个博士后流动站，27个博士点、33个硕士点。医院有国家口腔疾病临床研究中心和组织工程（上海）国家工程研究中心，教育部数字医学工程研究中心。拥有上海市组织工程重点实验室、上海市口腔医学重点实验室和上海市骨科内植物重点实验室、上海市耳鼻疾病转化医学重点实验室、上海市眼眶病眼肿瘤重点实验室和上海市消化道微生态及重大疾病研究重点实验室。
医院拥有中国工程院院士5人，国家级各类人才40余人次，上海科技精英4人，上海市领军人才16人，以及上海市优秀学科、学术、技术带头人、启明星计划、曙光计划、医学领军人才等市级以上人才培养计划近400人次。
医院现为上海市住院医师规范化培训基地和专科医师培训基地，是上海交通大学口腔医学院、上海交通大学九院临床医学院教学基地，拥有31个教研室。23个国家住院医师规范化专业基地、2个国家专科医师规范化培训专科基地，23个上海市专科医师规范化培训专科基地。2021年口腔全科获批国家住院医师规范化培训重点专业基地。
2022年，医院教育成果丰硕。共获得上海市教学成果奖一等奖1项，上海交通大学“教书育人奖”二等奖1项，上海市高校市级课程2项，上海市课程思政示范课程1项、上海市课程思政示范团队1项，上海高等学校一流本科课程（虚拟仿真实验教学项目）1项，上海交通大学、上海交通大学医学本科课程思政示范课程培育项目6项，上海交通大学佳和优秀导师奖2人，上海交通大学教师创新赛一等奖2项，上海交通大学医学院研究生思政示范课程培育项目1项。
十四五期间，我院纵向科研项目共立项五百余项，总经费2.62亿元，其中国自然234项，科技部项目10项。医院连续4年实现国家自然科学基金项目破百。2022年，九院共获纵向科研项目（课题）280项，共计科研经费1.6亿元。国家自然科学基金项目再创新高，获批121项。立项数位列全国综合性医院第10位、上海市综合性医院第4位。获批科技部科技创新2030重大项目1项和重点研发计划专项9项。
2021年度医院论文发表取得了数量和质量双提升。共发表SCI收录论文812篇，排名全国医疗机构第18位、上海市医疗机构第3位。共发表中文心核心期刊论文614篇，中文核心期刊全国医疗机构21名，上海市医疗机构第2位。2021年国际论文被引用篇数排名全国医疗机构第16位、上海市第3位。中国卓越论文篇数469篇，排名全国医疗机构第26位、上海市医疗机构第4位。
医院重视国际对外交流，主办大量国际学术会议，充分发挥学科国际影响力。医院与瑞典卡罗林斯卡医学院、美国约翰·霍普金斯医院、法国巴黎公立医院集团、哈佛大学牙医学院、德国杜伊斯堡埃森大学IMC口腔医学院、荷兰Acta中心、美国波士顿大学牙学院、马里兰大学牙学院、新加坡国立大学牙学院、日本福冈齿科大学等相关友好姐妹院校建立了长期的互访交流关系。
医院重视精神文明建设和医院文化建设，2020年获评“全国文明单位”称号。连续荣获上海市文明单位“十五连冠”，多次荣获全国医院（卫生）文化建设先进单位、全国城市医院思想政治工作先进集体、上海市拥军优属先进单位等。先后荣获全国党建工作和市、局精神文明建设优秀组织者、“全国五一劳动奖状”、“全国工人先锋号”、“全国青年文明号”、“上海五一劳动奖章”、“上海市工人先锋号”、“上海市五一巾帼奖”、上海市巾帼文明岗等集体及个人荣誉称号等。
医院积极开展社会公益活动，医院连续多年作为上海市进口博览会定点保障医院，并选派志愿者参出色完成进博会应急救护保障任务。2020年医院获批成为上海公益基地。同时，医院是上海市红十字冠名医疗机构，承担多项“博爱申城”志愿服务项目，在冠名医疗机构红十字工作年度考核中继续多年获得年度优秀，并于2021年荣获全国红十字模范单位称号。
九院人认真贯彻党的二十大以来中央一系列决策部署和习近平总书记系列重要讲话精神，按照市委、市政府要求，坚持公益办院，秉承“团结奋进，久久为功”的院训，踔厉奋发、笃行不怠，争取医、教、研、防、管理各项工作取得新突破、新进展和新成效，推动医院高质量发展，为确保上海市民健康水平继续领先全国、保持发达国家水平，为开创上海卫生健康工作新局面，也为把九院建设成为学科特色鲜明、具有全球影响力的综合性研究型医院而努力奋斗。