上海市针灸经络研究所（简称针研所）是上海中医药研究院和上海中医药大学下属市级研究机构。前身是上海市针灸研究所（1958年成立）和上海市经络研究所（1964年成立），也是我国最早建立、规模最大的针灸专业研究机构之一。2002年为了促进科研与临床的紧密结合，上海市针灸经络研究所与岳阳医院合并。
针研所，历经几代人传承创新，现为针灸推拿学国家重点（培育）学科建设单位、国家973计划项目首席科学家单位、上海市针灸推拿学重点学科带头人单位和建设单位，具有一支在临床、教学、科研等方面能力较强的针灸专业技术队伍。其主要任务是充分运用现代科学知识和方法，研究针灸临床治病的规律及其作用原理，针灸文献的研究，继承和发扬我国传统针灸医学。设有针灸免疫研究室、针灸神经泌尿研究室、针灸文献研究室、《上海针灸杂志》/《针灸推拿医学》编辑部。拥有国家中医药管理局针灸免疫效应重点研究室，3个国家中医药管理局三级实验室（针灸免疫实验室、针灸分子生物学实验室和脑神经生物实验室）。80年代至今先后承担国家973计划项目课题3项，国家自然科学基金课题50余项，部市局级课题100余项，获各类科技奖70余项。
建所以来，针研所在针灸治疗耳聋获得卫生部嘉奖。与上海市第一肺结核病院合作应用针刺麻醉肺叶切除手术获得成功，针刺麻醉临床研究成果通过国家科委鉴定。在针灸免疫领域内处于国内领先地位，针灸治疗甲状腺病、类风湿性关节炎、哮喘、溃疡性结肠炎、艾灸抗衰老、糖尿病和膀胱尿道疾病，针法（项从刺、骶髂刺、子午流注）灸法（化脓灸、隔物灸、穴位敷贴）等方面研究取得了较大进展。在隔药饼灸治疗溃疡性结肠炎的临床及机理研究、艾灸对细胞免疫的调节作用研究、针刺治疗支气管哮喘与皮质激素关系的研究、针灸神经刺激疗法治疗尿道综合征的机理和临床应用研究、针灸文献的计算机检索与分析等多项研究获部市级科技奖。
针研所在针灸流派的传承、挖掘、研究方面做出了不懈努力，是上海市针灸学术流派传承研究中心。“陆氏针灸疗法”，2009年被列为“上海市非物质文化遗产名录项目”，2010年被列为“国家级非物质文化遗产名录推荐项目”。
针研所是承担针灸博士、硕士研究人才的培养机构，已培养针灸学博士50余名，硕士100余名，出站博士后5名。同时是中国针灸学会实验分会、上海针灸学会针法灸法专业委员会、文献专业委员会、实验针灸专业委员会挂靠单位。承办了《上海针灸杂志》、《针灸推拿医学》（英文版）杂志。
针研所1959年起设立门诊部。目前医疗门诊部开设“针灸科”、“推拿科”、“中医内科”和“康复科”，以及“特需门诊”，为“上海市城镇职工基本医疗保险定点医疗机构”、“中国上海国际针灸培训中心临床实习基地”。近年来针研所对免疫、内分泌、神经、运动、心血管、消化、泌尿、生殖等系统疾病的针灸疗效机制进行深入研究。对针刺治疗某些免疫性、内分泌性疾病和各种疼痛性疾病有明显效果。临床上逐步形成以针灸为主结合中西药、现代针灸仪器等综合手段治疗中风后遗症、溃疡性结肠炎、慢性排尿障碍（尿道综合症、尿失禁）、耳鸣耳聋、肠易激综合征、帕金森氏病、震颤麻痹、脑萎缩、颈腰椎病、肥胖症等的业务特色。
拥有2名上海市名中医陈汉平教授、吴焕淦教授，2个“名中医工作室”陈汉平名中医工作室、赵粹英名中医工作室。2004年经市卫生局批准“中医针灸溃疡性结肠炎专科”为上海市特色专科，尿道综合症专科、中医针灸溃疡性结肠炎专科为上海中医药大学特色专科，以上2项目均为国家中医药管理局向全国推广项目。