医院目前是国家先天性结构畸形救助项目定点医疗机构、国家儿童医学中心消化专科联盟成员单位、彩虹桥-中国癫痫儿童关爱项目合作点、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心网络单位、中国流动留守儿童体格发育促进研究与能力建设项目暨“天使童行”定点合作医院、昆明市儿童医院“童心项目”先天病筛查定点协作医院、玉溪市危重新生儿救治中心、玉溪市首批残疾儿童康复定点医疗机构。是重庆医科大学附属儿童医院技术指导医院、重庆医科大学附属儿童医院新生儿科中心主任史源专家工作站、复旦大学儿科医院医学博士周文浩专家工作站、温州医科大学附属第二医院儿科系主任蔡晓红专家工作站、昆明市儿童医院联盟合作单位和昆明医科大学教学医院。
“精诚护生，善佑未来”是我们的院训。我院将秉承救死扶伤，治病救人的宗旨，以儿童的健康为己任，充分发挥儿童专科医院的特色和优势，向管理科学化、技术专业化、操作规范化和服务人性化方向努力，将玉溪市儿童医院建成集儿童疾病诊断、治疗、科研、教学、保健、康复为一体，并承担突发性公共卫生事件应急处理职责，履行儿童传染性疾病防治职能的儿童健康保障中心，为玉溪市及周边儿童的健康成长保驾护航，并致力将玉溪市儿童医院打造成为西南地区具有影响力的儿童医学中心。
玉溪市儿童医院，前身是玉溪市人民医院儿科，于2010年3月19日，经玉溪市政府专题会议研究决定，成建制搬迁到原红塔集团职工医院，筹备建设玉溪市儿童医院。
2017年，根据玉溪市政府的重大决定，经历政府与社会资本合作管理经营公立医院的重大改革，借力于PPP项目，玉溪市儿童医院管理有限公司全面介入玉溪市儿童医院的管理和经营，使得儿童医院既保留了医疗事业单位的身份和公立医院的性质，又得到了社会资本的支持。
2018年8月6日，玉溪市财政局下发玉财资〔2018〕91号《玉溪市财政局关于玉溪市人民医院无偿划拨固定资产到玉溪市儿童医院的批复》，同意将玉溪市人民医院（儿童医院使用的）固定资产（账面原值2287万元）无偿划拨到玉溪市儿童医院。
2018年9月5日，玉溪市人社局下发玉人社函〔2018〕147号《玉溪市人力资源和社会保障局关于玉溪市卫生儿童医院编制人员集体划转的复函》，同意将玉溪市人民医院编制内职工师廷明等134人集体划转到玉溪市儿童医院。
2018年12月28日，在玉溪市卫生健康委员会的大力支持下，经过玉溪市卫生监督局的现场审查，报请云南省卫生健康委员会同意，玉溪市儿童医院取三级儿童专科医院的医疗机构执业许可证；29日，法人变更完成。自此，玉溪市儿童医院两证齐全，成为合法的医疗机构。
2019年1月1日，玉溪市儿童医院正式与玉溪市人民医院脱钩，独立运行。