南通市海门区中医院始建于1959年，1988年迁入现址，1995年被评为国家二级甲等中医医院。医院坚持以中医为主、中西医协同并进的发展原则，经过几代人的努力，发展成了一所具有多项中西医医疗特色的二级甲等中医院，2016年12月开始接轨上海，与上海中西医名院开展深度合作，先后挂牌为“上海市第一人民医院海门分院”、“上海中医药大学附属龙华医院合作共建医院”、“上海市香山中医医院合作共建医院”。2017年8月被评为南京中医药大学教学医院。
科室设置：共有一级临床和医技科室14个，二级临床科室13个，住院部共有15个病区，核定床位600张，实际开放床位650张。7个净化手术间，1个重症监护病房和1个血透室。急诊科分急诊抢救、输液室、和留观病房，功能齐全。门诊内外妇儿分类齐全，并设有特色鲜明的治未病科。
人才队伍：医院现有职工758人，其中专业技术人员715人，具有高级职称者168人，高学历人才不断增加，现有医学博士1人、硕士共47人，在读博士2人、在读硕士5人。目前拥有南通市第五期“226工程”培养对象2名，海门区首批“521”东洲青年英才培养工程”青年学术技术带头人2名。江苏省名老中医1人，享受国务院特殊津贴者1人，南通市名中医4人。
重点专科：南通市中医重点专科8个：外科（胆道外科、肿瘤外科）、心病科、妇科、脾胃病科、肾内科、骨伤科、泌尿科、脑病科;南通市中医重点建设专科2个：内分泌科、肺病科。江苏省基层医疗机构中医特色专科2个：肿瘤科、脾胃病科。心病科、脾胃科、外科正在争创江苏省中医重点专科。治未病科、中医护理争创南通市中医重点建设专科。
中医特色：冬病夏治药物敷贴和冬季膏滋养生享誉市内外，每年接待上万群众。院内中药自制制剂共17种，临床疗效好，深受患者信赖。
诊疗设备：拥有GE1.5T核磁共振、西门子edge64排128层螺旋CT、东芝彩超、全自动生化分析仪、最新型奥林巴斯电子染色胃肠镜系统、数字胃肠机、最先进的平板中C、乳腺钼靶机、DR、原装进口微创设备等各类先进的医疗仪器设备。
医院荣誉：海门市中医院先后多次被评为江苏省“青年文明号”、南通市“十佳”医院、南通市先进集体、文明单位、南通市基层党建示范点、南通市廉政文化示范点、海门市先进集体、文明单位等荣誉称号。