首都医科大学附属北京友谊医院始建于1952年，原名为北京苏联红十字医院，是新中国成立后，由党和政府建立的第一所大型综合性医院。建院初期，毛泽东、周恩来、刘少奇、朱德等老一辈革命家为医院亲笔题词，毛泽东主席题词“减少人民的疾病，提高人民的健康水平”。1957年3月，苏联政府将医院正式移交我国政府，周恩来总理来院参加了移交仪式。1970年，周总理亲自命名为“北京友谊医院”。
经过70年的发展，首都医科大学附属北京友谊医院已发展为集医疗、教学、科研、预防和保健为一体的北京市属三级甲等综合医院，是首都医科大学第二临床医学院，拥有北京临床医学研究所、北京热带医学研究所、北京市中西医结合研究所、北京市临床药学研究所和北京市卫生局泌尿外科研究所等5个研究机构。进入新时代，医院顺应首都发展变化，立足北京“四个中心”功能定位，落实北京城市总体规划，服务非首都功能疏解，形成了西城院区、通州院区、顺义院区（在建）和城市副中心行政办公区门诊部“三区一部”新发展格局，为医院高质量发展奠定基础。
医院现有职工4700人，其中研究生导师149人，高级专业技术人员740人，国家级和北京市级专业委员会主委、副主委及核心期刊主编、副主编84人。目前共开放床位2306张，年门诊量310万人次，年出院患者9.15万人次。医院是北京市首批基本医疗保险A类定点医疗机构，已开通门诊、住院异地医保持卡结算服务，也是全国最早承担干部保健及外宾医疗任务的医院之一。
医院综合优势明显，专科特色突出，共有临床医技科室43个。消化和泌尿系统疾病诊治，肝、肾移植，热带病和寄生虫诊治、中西医结合以及临床影像诊断和介入治疗等是医院的专业特色。2014年10月，医院获批成为国家消化系统疾病临床医学研究中心，2018年牵头成立北京市医院管理中心消化内科学科协同发展中心。
近年来，医院的医学科技创新能力显著提升，学科架构日臻完善，支撑平台不断强化，综合优势进一步凸显。医院拥有国家重点专科8个，博士点27个，硕士点32个，国家住院医师规范化培训专业基地17个，国家专科医师规范化培训试点基地4个，北京市重点实验室4个，北京市临床质控中心5个，北京市转化中心1个，还拥有支撑临床研究发展的国家消化系统疾病临床医学研究中心、北京市首批示范研究型病房、北京临床研究质促中心、ISO9001认证生物样本库、多中心互认医学伦理平台等。医院与海外院校长期保持学术交流合作，接待国外专家学者短期交流以及留学生来院参观见习。自2005年起，北京市李桓英医学基金会已资助北京市14批次共231名中青年科技人才出国前往世界一流科研院所学习深造。
2012年7月1日，北京友谊医院作为全国和北京市医药卫生改革综合试点单位，率先启动“两个分开、三个机制”的改革试点。2016年4月，北京友谊医院受北京市卫计委和平谷区政府的委托管理平谷区医院，开创“区办市管”新模式。医院先后于2017年4月和2019年6月启动了医药分开综合改革和医耗联动综合改革，坚持“医疗改革与提升医疗技术质量相结合、与改善患者就医感受相结合”。2019年7月，顺义院区主体建设项目开工建设。同年12月，通州院区二期工程开工建设。
多年来，北京友谊医院党委坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，带领全院干部职工在落实非首都功能疏解和京津冀协同发展、推进医疗改革、创新驱动发展、提升医疗质量、改善医疗服务等方面，大胆改革，锐意进取，扎实工作，整体社会评价在全市及全国医院中名列前茅。在北京市医疗服务能力管理综合排名和北京市属三甲医院绩效考核中，北京友谊医院连续多年位居前三甲，医院消化内科、普外科在全市重点专科排名中位列第一。医院曾先后两次被授予全国先进基层党组织，曾获全国“三八”红旗集体、全国模范职工之家、全国扶贫攻坚先进集体、中国质量奖提名奖、首都劳动奖章、北京市抗击新冠肺炎疫情先进集体等荣誉，多次被授予首都文明单位标兵等光荣称号。2021年8月，世界著名麻风病防治专家李桓英教授被中宣部授予“时代楷模”称号。
建院以来，北京友谊医院得到了党和政府以及社会各界的关怀和支持。在市委市政府、市卫生健康委和市医院管理中心的领导下，医院坚持“全心全意为患者服务”的宗旨，弘扬“仁爱博精”的院训精神，建立现代医院管理制度，坚持党委领导下的院长负责制，努力实现“患者信任，职工幸福，医院发展，党和政府放心”的发展目标。医院以消化学科群为战略学科，整合现有国家临床重点专科项目、传统特色学科、有发展潜能的优势学科，发挥医院综合实力，创新驱动发展，努力把医院建设成为国家级医学中心，实现职工共同追求的友谊梦，为首都医药卫生事业的发展、为人民健康做出新的更大的贡献。