北京市疾病预防控制中心（北京市预防医学科学院、北京结核病控制研究与防治所）是北京市卫生健康委员会直属正处级公益一类事业单位。
中心前身为1953年10月成立的北京市卫生防疫站。2000年6月，根据国务院关于卫生监督、卫生防病体制改革的总体要求，由原北京市卫生防疫站、北京市劳动卫生与职业病研究所、北京市健康教育所、北京市性病防治所合并组建北京市疾病预防控制中心，并成立北京市预防医学研究中心；2021年5月，根据《中共北京市委机构编制委员会关于市卫生健康委和市中医局所属事业单位改革有关事项的批复》（京编委〔2021〕120号），在原北京市疾病预防控制中心、北京市预防医学研究中心、北京市结核病控制研究所基础上，重新组建北京市疾病预防控制中心（北京市预防医学科学院、北京结核病控制研究与防治所）。
中心承担着北京市传染性疾病、慢性非传染性疾病、学生常见病、病媒生物传播疾病等预防与控制，开展疾病监测与预警和疾病流行规律研究；承担全市传染病疫情溯源和调查处置，突发公共卫生事件和灾害疫情应急处置；开展健康危害因素监测与干预工作，开展食源性、职业性、放射性、环境性等疾病的监测评价和流行病学调查，开展公众健康和营养状况监测与评价，提出干预策略和措施；承担全市结核病预防与控制；同时还肩负着首都重大政治、经济、社会活动的公共卫生保障、首都生物反恐怖袭击应急等任务；开展公共卫生与疾病预防控制的基础性和应用性科学研究与科技创新，促进科研成果转化。
中心内设中心办、党办、纪检办等16个职能科所和传染病地方病控制所、免疫预防所、性病艾滋病防治所等18个业务科所。截至2023年8月，批准编制1023人，在编职工765人，占编率74.7％；在编卫生技术人员635人，占83.0％，中级及以上职称占比70.7％（其中高级职称占33.4％），硕士及以上学历占54.2％（其中博士学历占12.9％）。
截至2023年8月，现有国家级和省部级高层次人才37人次，北京市首席公共卫生专家4名，首都高层次公共卫生技术领军人才5名，学科带头人7名，学科骨干18名。近五年获批各级各类科研项目经费2.93亿元；承担省部级以上项目172项；作为主持单位获北京市科委科学技术奖3项，中华预防医学会科学技术奖二等奖2项、三等奖3项；获批专利授权35项，其中：首次取得国际专利授权1项，国家发明专利24项，实用新型专利技术10项；以第一单位发表科技论文865篇，其中SCI/SSCI论文137篇。截至2022年底，作为第一起草单位制修订国家标准29项，行业标准10项，地方标准28项，团体标准16项，在研项目21项；发布新冠疫情防控相关地方标准8项。近五年累计培养带教本科生、研究生454人。
中心现址四个院区，总占地面积25104.76平方米，建筑面积51380平方米。新址位于通州区宋庄镇双埠头工业园区，建设用地80400平方米，建设总规模124500平方米，计划2025年7月完工。中心拥有大型设备780余台（件），具备开展生物、化学、声学、热学、光学和辐射等多个领域的33类1122项检测能力。拥有流感、麻疹、脊灰3个国家级网络实验室，以及食品非法添加物、兽药残留和有害元素3个国家参比实验室；北京市食物中毒诊断溯源技术重点实验室；是全国健康促进与教育示范基地、北京市医防融合培训基地、国家公共卫生医师资格实践技能考试与考官培训基地等全国多项培训、科研教学基地、委员会承担单位；国家卫生有害生物防制标准专业委员会、北京市公共卫生标准化技术委员会、北京市食品安全地方标准评审委员会3个秘书处设在我中心。