南京市职业病防治院隶属于南京市卫生健康委员会，是目前南京市唯一一家集职业病预防、诊断、治疗于一体的非营利性职业病防治专科医院，也是我市医疗保险、工伤保险定点机构。医院始建于1972年，前身为南京市职业病防治所，2012年3月由南京市疾病预防控制中心金山医院、皮肤病性病专科医院、燕子矶康复医院三家机构合并组建而成。
医院坐落于风景秀丽的紫金山麓，占地面积7506.2平方米，开设床位120张，现有职工228人，其中高级职称58人，中级职称99人，初级职称53人。设有职业病科、内科、外科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、病理科、中医科、皮肤科（皮肤病专业、性传播疾病专业）、医疗美容科（美容皮肤科、美容中医科）、传染科（虫媒传染病专业）、预防保健科、医学检验科（临床体液、血液专业、临床微生物学专业、临床化学检验专业、临床免疫、血清学专业）、医学影像科（x线诊断专业、CT诊断专业、超声诊断专业、心电诊断专业）、中西医结合科等多个科室，并建立艾滋病初筛实验室。
医院具有职业病诊断资质，江苏省卫生健康委备案通过的江苏省职业健康检查资质。现有江苏省职业病诊断鉴定专家库专家19人，其中，A库专家7人，B库专家12人。具有江苏省职业病诊断医师资质36人，其中职业性尘肺病及其他呼吸系统疾病诊断医师21人，职业性化学中毒诊断医师25人，职业性放射性疾病诊断医师16人，职业性皮肤病诊断医师29人，职业性眼、耳鼻喉口腔疾病诊断医师28人，职业卫生现场5人。能够全方位为南京地区接触职业病危害因素的劳动者提供职业病监测与职业健康风险评估、职业健康检查和职业病诊治、职业病防治宣传教育等工作。
近年来，医院先后被评为江苏省职业病诊断、职业健康检查先进单位，南京市文明单位，南京市双拥先进、禁毒先进、内保先进单位，社区药物维持治疗门诊连续2次被国务院防治艾滋病工作委员会评为“全国滥用阿片类物质成瘾者社区药物维持治疗工作优秀门诊”。全院医务人员始终贯彻“用情服务，用心防治”的服务宗旨，秉承“劳动者健康，我们的责任”的服务精神，树立“厚德致业重防实治”的服务理念，以精湛的医疗技术和诚信优质的态度为广大患者提供一流的医疗服务。