中国中医科学院（原名中国中医研究院）成立于1955年，是国家中医药管理局直属的集科研、医疗、教学为一体的综合性中医药研究机构。
现设23个内设机构，13个二级法人机构，4个非法人机构，4个院本部直属机构以及3个挂靠学会。截至2023年底有职工6900余人，拥有诺贝尔奖获得者1名，两院院士8名，国医大师10名、全国名中医8名，岐黄首席科学家2名，岐黄学者27名，首席研究员36人。拥有与世界卫生组织（WHO）共同建立了临床研究与信息、针灸、中药三个传统医学合作中心。中国针灸学会、中国中西医结合学会、世界针灸学会联合会均为中国中医科学院挂靠单位。
中医药科学研究是中国中医科学院的中心任务。建院60余年，在中医药基础理论、重大疾病中医药防治及中药新药研发等方面取得了显著成就。截至2023年底，全院共获得院外各级各类科技奖励1060余项，其中国家科学技术奖55项。“血瘀证与活血化瘀研究”荣获国家科技进步一等奖；被誉为中药科学研究丰碑的青蒿素及双氢青蒿素研究，荣获国家发明二等奖和全国十大科技成就奖。屠呦呦终身研究员由于在青蒿素发现及其应用于治疗疟疾方面做出的杰出贡献，荣获2015年诺贝尔生理学或医学奖，成为在中国大陆开展科学研究并获得诺贝尔科学奖的第一位中国科学家。继诺奖之后，屠呦呦分别于2016年、2019年荣获国家最高科学技术奖、共和国勋章，成为我院奖励史上的新突破。
拥有道地药材品质保障与资源持续利用全国重点实验室、中药过程控制技术国家工程实验室、中药临床疗效和安全性评价国家工程实验室、国家新药（中药）临床试验研究机构（GCP）、国家中药安全性评价中心（GLP），4个国家中医临床研究基地、19个国家中医药管理局重点研究室、35个国家中医药管理局高水平中医药重点学科、28个国家中医药管理局三级实验室。同时，我院主办和承办了20种全国性中医药专业期刊。
中国中医科学院聚焦影响人民生命健康的重大问题，充分发挥中医特色优势，为人民群众提供优质高效的中医药健康服务，多次在抗击重大传染病、抗震救灾等重大公共卫生事件中发挥了积极作用。2020年，组建首批援鄂抗疫国家中医医疗队驰援武汉，整建制接管金银潭医院重症病区，全面参与新冠肺炎救治工作，制定中医药诊疗方案，研发防治新冠肺炎中药新药，彰显了“国家队”的责任和担当。附属西苑医院、广安门医院、望京医院、眼科医院是三级甲等中医医院，另有针灸医院、中医门诊部两家医疗机构。目前，全院开放床位3000余张，年门（急）诊总量近900万人次，在肿瘤、心血管、老年病、骨伤病、眼病、脾胃病、血液病、肾病、皮肤病等常见病、多发病、疑难急危重症救治具有丰富的经验和独特的疗效，在国内外有较高声誉。2021年西苑医院、广安门医院首批纳入国家发展和改革委员会“辅导类”中医类国家医学中心创建单位。获批国家区域医疗中心7家，其中西苑医院3家、广安门医院3家、望京医院1家，总数占中医类国家区域医疗中心建设项目总数的26％。望京医院获批中医运动医学中心，入选国家中医药管理局中医康复中心建设单位。眼科医院获批筹建全国中医药儿童青少年近视防治中心和全国中医药老年眼病防治中心。目前拥有国家中医心血管病临床医学研究中心，16个国家临床重点专科，43个国家中医重点专科，37个国家中医优势专科，14个国家中医药管理区域中医（专科）诊疗中心，23个北京市中医药重点专科。
中国中医科学院是培养中医药高层次人才的重要基地，为中医药行业培养了大批优秀中医药人才。作为中医药行业唯一的人社部国家级专业技术人员继续教育基地，国家中医药人才培训中心建设单位，培养全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师193人次，国家级学术继承人近400位，全国优秀中医（临床、基础、西学中）人才56人。近5年举办国家级继续项目319项，院级继续教育项目209项。现有中医学、中药学、中西医结合3个一级学科所涵盖的所有学科专业的博士、硕士学位授予权及信息资源管理一级学科的硕士学位授予权。2020年开始与上海中医药大学、南京中医药大学联合招收中医学、中药学本博连读（屠呦呦班），2022年教育部批准我院牵头联合北京、上海等11所中医药大学成立中国中医药联合研究生院，加快探索中医药创新人才培养模式，全力推进中国中医科学院大学建设。有中医学、中药学、中西医结合3个一级学科的博士后科研流动站，2023年底在站博士后研究人员170余人。
图书馆是全国藏书最多的中医药专业图书馆，藏书50万余册，其中珍本、善本、孤本书籍2万余册，是国家古籍重点保护单位、国家级古籍修复中心及全国中医行业古籍保护中心。中国医史博物馆是中医药专业博物馆，收藏文物3000余件。建馆以来，以独具魅力的藏品特色及活跃的中外学术交流赢得了学界和社会的广泛赞誉。
中国中医科学院已与40余个国家及地区的科研院所、高等院校签署了200余项合作协议，开展中医药领域合作；在美国、德国、意大利、挪威、奥地利、柬埔寨建设了6个国家级中医药海外中心，建设中药质量、针灸、藏医药、中医药海外发展等19个国家级国际合作基地，与奥地利、瑞典共建国家“一带一路”联合实验室、国际联合实验室。助力国际抗疫，推广中国方案，向国外分别派遣3支国际中医抗疫医疗队和2支援外中国中医医疗队。通过承办商务部、科技部等各类国际培训班为100余个国家和地区的3万余名学员提供了中医药培训，搭建国际传统医学临床试验注册平台，已被世卫组织接受为一级注册机构，推动20项中医药国际标准立项。我院作为传统医药交流的重要窗口，不断推进中医药国际化进程，努力为构建人类卫生健康共同体作出积极贡献。